In questa sezione si può osservare all'interno di vetrine, esposti, esemplari di rocce e minerali, che compongono l'Appennino in queste zone.
Si può notare anche una raccolta Paleontologica, di organismi fossili, sempre provenienti da queste montagne, che mostrano le varie fasi Geo-Paleontologiche del territorio

Sempre nella stessa sezione è presente una esposizione Archeologica, che raccoglie manufatti dal periodo preistorico, risalenti ad alcune decine di migliaia di anni fà, e passando per le varie epoche storiche si osservano oggetti fino al rinascimento.

Questa sezione Geo-Archeologica, realizzata grazie alla collaborazione con la Sovrintendenza Archeologica per la Toscana, ha l'intento di dare al visitatore una visione generale delle varie fasi del territorio, dalla sua nascita geologica fino agli eventi storici di un passato più recente.

La costruzione del maniero deve senz'altro risalire ai primi secoli dopo l'anno mille, come alcuni storici affermano.
Le prime notizie certe della Rocca, risalgono al 1248, ed era di proprietà del Conte Alessandro degli Alberti di Mangona.

Varie vicende militari si susseguirono, fino al 25 Maggio dei 1380, data nella quale avvenne un grave fatto di sangue.
Il Conte Alberto per presunte offese, irruppe con altri compagni nel Castello, sequestrò il fratello Antonio e lo fece incarcerare.
La moglie pensando che Antonio fosse morto, chiamò il figlio Francesco, il quale nella mischia rimase ucciso e lei stessa gravemente ferita ad un braccio.
Il 27 Maggio, il Conte Antonio fu liberato, dopo questo grave avvenimento decise di vendere la propria parte dei Castello al Comune di Bologna.
L'abbandono della Rocca, e quindi la sua lenta distruzione deve essere iniziata nei primi decenni dei 1500.