La sezione naturalistica

Questa sezione documenta il complesso vegetazionale del territorio compreso tra la fascia costiera ove abbiamo residui della macchia di tipo mediterraneo, ove è pure componente caratteristica il Quercus ilex; seguono tracce di formazione submediterranea con sporadici raggruppamenti di Quercus suber.
Via via che si incontrano valli più fresche e si sale di quota si incontrano Carpinus betulus, Ulmus camprestris, Fraxinus ornus; ma non mancano biotopi definiti da Populus, Salix, Tamarix; sulle cime più elevate, ma insolitamente anche in aree più fresche e umide a quote più basse, residui importanti di Fagetum come quello che sovrasta l'abitato di Allumiere a quote di poco superiori ai 600 metri, ove possiamo incontrare rare fioriture ed una varia ed interessante fauna.

Una interessante rarità è offerta dalle Orchidee per le quali è stato allestito un diorama che riproduce il prato-pascolo in prossimità dell'area boschiva.
Vasta è poi la campionatura delle fioriture diffuse in tutto il territorio in esame, con un erbaio costantemente aggiornato.

Singolarmente ricca ed in continua crescita la Sezione entomologica con una ricca raccolta delle varie specie, presenti sul territorio suddivise per habitat, con una particolare attenzione per la coleotterofauna fitofaga. Questa sezione museale vuole offrire un contributo agli interrogativi biogeografici che vengono posti dalle sue origini che sono in relazione con i processi della storia geologica, plaeoclimatica e paleogeografica del territorio tolfetano-cerite, che si pone come punto di incontro di elementi europei e mediterranei.

Il museo è impegnato nell'allestimento di un Orto botanico nel Parco Pubblico di Allumiere per documentare la flora arborea ed i fiori diffusi in tutto il territorio.  

Le collezioni e le ricostruzioni di ambienti esposti nella sezione naturalistica del museo vogliono esserne la testimonianza e favorirne la conoscenza, e l'apprendimento .