Fu costruita per ordine di Pio IV e V . Michelangelo Buonarroti, incaricato del progetto, seguiti gli inizi della costruzione, verso il 1563 dovette abbandonare la fabbrica a causa degli impegni relativi alla basilica di S. Pietro. Alla morte di Michelangelo (1564) l'opera fu ripresa sotto la direzione di Nanni di Baccio Bigio (Giovanni Lippi) e conclusa nel 1570 e dedicata all'Arcangelo Michele.
Dal 1865 al
1931 fu utilizzata come faro. Ora appartiene
all'aeronautica militare che vi ha installato apparecchiature per
gli aerei diretti agli
aeroporti romani.