Un noto scienziato, dopo anni di
lavoro, crea Mewtwo, un pokémon creato con il DNA di Mew,il pokèmon più
forte del mondo (fino alla creazione di Mewtwo).
Mewtwo, quando viene
avvertito della sua vita, cioè da cavia per esperimenti sui pokèmon,
distrugge il laboratorio e uccide tutti gli ingegneri. Pensando che i
pokèmon sono schiavi degli umani, con la scusa di un torneo, invita gli
allenatori più forti del pianeta. Quando gli allenatori perdono contro lui
o contro i suoi pokèmon clonati, ruba i pokémon per clonarli e farli
diventare più forti...