Dopo tre anni di lavoro molto intenso, dinanzi alle inevitabili difficoltà incontrate, nel 1905, si trasferì a Madrid col desiderio di fondare un asilo per bambini di strada, che non poté realizzare. Nel 1906 fu nominato canonico della Basilica di Santa Maria di Covadonga (Asturie), nella zona montana del nord della Spagna, dove visse fino al 1913.

Dinanzi a circostanze e ambienti diversi rispetto alla sua natia Andalusia, non modificò il suo atteggiamento. Attento, per esigenza della sua fede, al nuovo ambiente in mezzo al quale viveva, si preoccupò innanzi tutto dei numerosi pellegrini che giungevano al Santuario. Pubblicò libri ed opuscoli per la loro formazione cristiana come "Plan de vida", "En provecho del alma" e "Para los niños". Nell'opuscolo "Visita a la Santina" dava dei suggerimenti per il periodo che rimanevano nel Santuario, e con i cinque fascicoli dal titolo "La Voz del Amado" cercava di aiutarli a pregare con testi della Sacra Scrittura. Li esortava pure alla comunione frequente e a dedicare tempo alla preparazione e al ringraziamento, secondo gli orientamenti pastorali dell'epoca.

Durante questi sette intensi anni di Covadonga comprese via via in profondità quello che aveva incominciato a percepire a Guadix: l'importanza della funzione sociale dell'educazione e, di conseguenza, la necessità che i maestri fossero ben preparati professionalmente, vivessero la loro fede in modo coerente e responsabile, fossero solidali e sapessero cooperare.

I suoi frequenti soggiorni a Madrid, passaggio obbligato dei suoi viaggi a Linares, e la vicinanza a Oviedo, con una prestigiosa Università, e a Gij6n, con un importante porto aperto all'Europa e all'America, ampliarono il suo orizzonte e le sue conoscenze. Giunse così a captare, con grande profondità, i problemi concreti del rapporto tra fede e scienza che incidevano in modo decisivo nel campo della scuola. Negli articoli che pubblicò in quel tempo sulla stampa, che furono raccolti poco dopo in un opuscolo intitolato "Alrededor de un proyecto", analizzò questi problemi.

In quello stesso periodo nasceva, a partire da diverse isolate esperienze, la pedagogia scientifica, e lo Stato, da parte sua, tentava di rendersi responsabile della scuola, prima principalmente in mano alla Chiesa.

Quella di Covadonga fu una tappa decisiva della sua biografia, durante la quale maturò il suo ideale apostolico ed educativo, orientato alla formazione degli educatori.

Nei suoi lunghi spazi di preghiera, "guardando la Santina", approfondì il mistero dell'Incarnazione del Verbo e la partecipazione dei credenti nel mistero della Redenzione. Dalla sua identificazione con Cristo Crocifisso e dalla riflessione sulla realtà, che progressivamente andava scoprendo, nacquero nuovi progetti. Per tradurli in pratica scrisse e pubblicò articoli ed opuscoli programmatici, come il conosciuto "Ensayo de Proyectos Pedagogicos", il "Simulacro pedagogico" e il "Diario de una Fundacion" nei quali ebbe la chiaroveggenza e l'audacia di proporre un ampio piano di formazione e coordinamento degli insegnanti, coordinamento che poco dopo diede luogo alla Federazione Nazionale di Maestri Cattolici. Inoltre, disposto sempre a "cominciare facendo", dal 1911 fondò "Accademie per studentesse delle Magistrali, Centri Pedagogici e Riviste che diedero inizio all'Istituzione Teresiana. Per le "Accademie" scrisse: "Avisos Espirituales de Santa Teresa de Jesus", selezione dalle sue opere in 20 brevi capitoli, e "Consejos" alle Professoresse ed alle Alunne, future maestre, dove vengono abbozzate le linee pedagogiche che avrebbe sviluppato successivamente.

Per dare impulso a quest'Opera, che riuniva persone chiamate ad evangelizzare nel mondo dell'educazione e della cultura, nel 1913 si trasferì a Jaén, dove fu nominato canonico della Cattedrale, conseguì il diploma di Maestro, insegnò come professore del Seminario e delle Scuole Normali e prese parte attiva alla vita della città, prestando sempre molta attenzione ai settori più bisognosi e alle nuove correnti educative e culturali del luogo. Molto presto fu richiesta la sua presenza in diverse iniziative cittadine come l'Associazione della Stampa, l'Accademia degli Studi Superiori e la Reale Società degli amici del Paese. Divenne anche direttore spirituale del Centro Operaio, membro della Giunta dei Carcerati e della Giunta Provinciale di Beneficenza. Inoltre, dal 1912, apparteneva all'Unione Apostolica dei Sacerdoti Secolari, di carattere internazionale. A Jaén pubblicò l'articolo "Lo studio della Pedagogia nei Seminari", convinto del fatto che coloro che avevano la missione di educare alla fede avrebbero dovuto avere una adeguata preparazione pedagogica.

Appena giunto in questa città, conobbe Maria Josefa Segovia, che stava terminando i suoi studi nella Scuola Superiore del Magistero di Madrid, e che diventerà la sua principale collaboratrice nell'Istituzione Teresiana. Da lì continuò ad incoraggiare le "Accademie" e i Centri di Formazione Pedagogica che erano contemporaneamente luoghi di profonda vita cristiana e che presentavano una fisionomia sempre più definita.

Questa Istituzione si diffuse molto rapidamente e vide aumentare notevolmente le sue attività ed i suoi collaboratori. Nel 1914 don Pedro Poveda aprì a Madrid la prima Residenza Universitaria della Spagna e la sua Opera giunse ad essere, forse, il gruppo più qualificato ed impegnato nella formazione umana e cristiana della donna impegnata nello studio. Nel 1917 l'Istituzione Teresiana, articolata in vari gruppi, e presente attivamente nei diversi settori della cultura e della società, fu riconosciuta civilmente a Jaén, secondo la vigente Legge delle Associazioni, ed ottenne l'approvazione ecclesiastica diocesana come Associazione di Laici, chiamata "Pia Unione" nel Codice di Diritto Canonico recentemente promulgato. Rimase costituita sin dagli inizi come una Istituzione laicale complessa, con un unico spirito e missione e diversi modi di appartenenza. Si poneva sotto la titolarità di Santa Teresa di Gesù, donna di ampia cultura e maestra di preghiera, adottava come stile di vita quello dei primi cristiani e riconosceva l'educazione e la cultura come l'ambito specifico della sua missione.

Durante la permanenza a Jaén pubblicò "Consideraciones" e il libro dal titolo "Jesus, Maestro de oraci6n". Videro pure nuove edizioni i suoi scritti della tappa di Covadonga e aggiunse una nuova ed importante serie ai suoi "Consejos".