Trama
La vicenda di Crysis 3 è ambientata
nel 2047, 24 anni dopo le avventure di Alcatraz a New York in Crysis 2. Nel
lasso di tempo che separa i due capitoli della saga, la città, devastata e
spopolata dall'invasione dei Cef e dal loro virus alieno, è stata messa in
quarantena dalla C.E.L.L., che vi ha costruito sopra una gigantesca ed
avanzatissima cupola chiamata New York's Liberty Dome, progettata per contenere
i (pochi) Cef sopravvissuti al virus anti-alieno di Alcatraz e per sfruttarne
le tecnologie per produrre energia pulita ed illimitata. La C.E.L.L., oramai
indipendente dalla Hargreave-Rush Biochemical, inizia a fornire questa energia
a tutto il mondo, a prezzi esorbitanti che l'umanità non può permettersi. La gente
si indebita fino al collo ed è perciò costretta ad entrare nel programma
"Lavora per il Debito", mettendosi al totale servizio della C.E.L.L.,
che riesce così ad insediarsi a Washington D.C. ed a controllare tutto il
mondo. Prophet ("installato" nel corpo di Alcatraz dalla Nanotuta 2.0
e tornato così in vita al termine di Crysis 2) viene invece (subito dopo gli
eventi del precedente capitolo) catturato e mantenuto in animazione sospesa
dalla C.E.L.L. Durante il suo lungo sonno, Prophet ha una visione del futuro,
indottagli mediante il legame mentale che la Nanotuta ha con il Cef Alfa (il
leader dell'alveare Cef, ancora in vita da qualche parte sul pianeta), dalla
stessa creatura: in tale visione, Prophet, morente e vagante nello spazio,
assiste alla distruzione della Terra per mano di una Nave da Guerra Cef ed alla
conseguente fine della razza umana, fine che, dice lui stesso, egli non può
impedire in alcun modo. Nel 2047, Prophet viene risvegliato e liberato da
Psycho, il suo vecchio compagno di squadra, infiltratosi furtivamente assieme
ad una squadra nel laboratorio C.E.L.L. in cui era rinchiuso il suo vecchio
amico. Appena sveglio, Prophet apprende che Psycho e tutti gli altri possessori
delle Nanotute sono stati catturati dalla C.E.L.L. e "scuoiati", ossia
privati delle loro tute mediante un dolorosissimo processo che ha ucciso i più.
Prophet e Psycho si infiltra furtivamente nel Dome, utilizzando come diversivo
l'esplosione di una nave cargo ad opera della squadra di Psycho, che tuttavia
viene scoperta e sterminata dai C.E.L.L. Durante l'infiltrazione, Psycho dona a
Prophet l'Arco da predatore, un avanzatissimo arco compound adatto a qualunque
tipo di scontro (soprattutto alle azioni stealth) e lo informa di ciò che ha
fatto la C.E.L.L. mentre lui "dormiva". Psycho spiega anche che lui
fa parte di un movimento di ribellione alla C.E.L.L. con cellule in tutto il
mondo. La base di Psycho e dei suoi è all'interno del Dome e opera per
distruggere la macchina Cef che costituisce la principale fonte di energia della
compagnia, al fine di farne crollare l'impero. Tuttavia Prophet avverte in
Psycho (che non crede agli avvertimenti di Prophet sul Cef Alfa, asserendo che
gli alieni ormai sono sconfitti) qualcosa di strano. All'interno del Dome,
Prophet si ritrova a New York 2.0, ossia la vecchia NY trasformata in una vera
e propria giungla dalle emissioni energetiche del macchinario alieno della
C.E.L.L. I ribelli vogliono che Prophet li aiuti a portare a termine il loro
obbiettivo, ma Prophet oppone resistenza: le sue visioni, le rilevazioni della
nanotuta e il legame con il Cef Alfa gli fanno supporre che i Cef siano in uno
stato di ibernazione profonda, ma ancora in grado di risvegliarsi e sferrare un
attacco. I suoi sospetti si concretizzano quando, nel disattivare la fonte
energetica della CELL, questa si rivela essere nientemeno che lo stesso Cef
Alfa, che ritorna in libertà e risveglia la sua armata. La CELL, spaventata
dall'evento, avvia il protocollo Stella Rossa, ovvero un massiccio attacco
laser satellitare abbastanza potente da distruggere totalmente Manhattan.
Prophet riesce a disattivare Stella Rossa, ma Claire, colpita dal Cef Alfa,
muore, e Psycho, in preda alla sete di vendetta, si coordina con Prophet per
abbattere la contraerea nemica e sferrare un potente attacco al Cef Alfa, che
sta aprendo un ponte di Einstein-Rosen per far arrivare sulla Terra una nave da
guerra Cef. Nel corso di uno scontro finale, Prophet riesce ad uccidere il Cef
Alfa, ma viene scaraventato nello spazio insieme a lui, e lì capisce il
significato della visione avuta all'inizio del gioco: la risorsa più grande di
un soldato non è l'equipaggiamento, né il supporto, ma... sé stesso. Prophet
riesce quindi ad usare Stella Rossa per distruggere la nave da guerra Cef, e
nella collisione rientra nell'atmosfera, salvandosi per un pelo. Nell'ultima
scena prima dei titoli di coda, Prophet si trova in una capanna in una delle
isole Lingshan (ambientazione del primo Crysis): la sua nanotuta ha raggiunto livelli di integrazione
con il suo corpo tali da sembrare essa stessa il suo corpo. Il protagonista
getta quindi in mare le piastrine dei suoi vecchi commilitoni in acqua,
aggiungendo poi: "Mi chiamo Laurence Barmes, un tempo mi chiamavano
Prophet, ricordatevi di me.". La scena finale si conclude con Prophet che
si allontana della spiagga, occultandosi (grazie alla nanotuta) pochi secondi
prima della fine del video.