Trama

è ambientato nell'agosto 2023, 3 anni dopo le vicende del precedente capitolo. Il protagonista è Alcatraz, un marine Statunitense il cui compito è trovare il Dottor Nathan Gould, che ha importanti informazioni sull'epidemia aliena che sta colpendo New York City. Il piano originale viene modificato quando il sottomarino in cui viaggia viene attaccato da una navicella aliena, che prima di essere abbattuta, uccide quasi tutta la squadra di Alcatraz. Il marine, in gravi condizioni, viene soccorso da Prophet, ovvero il maggiore Laurence Barnes, a capo della squadra Raptor nel primo Crysis, che gli dà la sua Nanotuta (per la precisione, la versione 2.0, revisionata dalla corporazione Crynet e migliorata rispetto al modello precedente), in grado di curare le ferite più gravi, e gli chiede di portare a termine il compito da lui iniziato, ma non completato. Al suo risveglio, Alcatraz trova a terra Prophet che, contagiato dal virus alieno, si è suicidato; subito dopo riceve comunicazioni radio dal dottor Gould che organizza un incontro con lui al suo appartamento.

Uscito all'aperto, il protagonista scopre che il governo ha autorizzato l'invio dei C.E.L.L. (Crynet Enforcement Local Logistics), un'agenzia militare privata, per mantenere l'ordine durante l'evacuazione della città. Intercettando le comunicazioni radio dei C.E.L.L., scopre che un loro comandante, il tenente colonnello Lockhart, ha dato l'ordine di uccidere Alcatraz, pensando che nella nanotuta ci sia Prophet, che era impazzito dopo il ritorno delle Linchang. Durante il tragitto verso il laboratorio, Alcatraz assiste all'abbattimento di una navetta cargo dei Cef (gli alieni) e il dottor Gould gli comunica di raccogliere dei campioni alieni dal luogo d'impatto. Dopo aver ripulito la zona dai C.E.L.L., Alcatraz viene attaccato da due Cef, ma riesce a ucciderne uno e mettere in fuga l'altro. Raccolti i campioni dall'alieno ucciso, il marine percorre la FDR fino a raggiunge Gould nell'appartamento della ex del dottore, che analizza campioni e giunge alla conclusione che la tuta sta lavorando autonomamente a una sorta di antidoto contro il virus alieno.

Attaccati da Lockhart, i due sono costretti a fuggire e decidono di raggiungere la sede centrale dei C.E.L.L., a Wall Street, per analizzare la tuta con macchinari avanzati. Facendosi strada tra i tetti, Alcatraz raggiunge la sede centrale e riesce a eliminare la sorveglianza. Raggiunto il laboratorio, Gould inizia l'analisi, ma viene interrotto da Lockhart che arresta sia il dottore che Alcatraz. Durante il trasporto dalla sede, però, l'elicottero che trasporta il marine viene abbattuto da un grosso macchinario alieno, e Alcatraz sviene nell'impatto. Appena riesce a riprendersi, viene contattato da Jacob Hargreave, presidente della Crynet Systems e capo dei C.E.L.L.: l'uomo guida Alcatraz attraverso il municipio e la vecchia metropolitana, fino a tre grosse strutture aliene che producono spore del virus. Il marine riesce a sabotarle grazie alla nanotuta, che crea delle spore in grado di uccidere solo i Cef, eliminando la presenza locale degli alieni. Intanto i Marines lanciano un attacco alla città e allagano la parte meridionale di essa sommergendo Alcatraz e un elicottero C.E.L.L. pronto ad estrarlo. Poche ore dopo una squadra di marines (tra cui Chino, unico superstite della Force Recon Omega insieme ad Alcatraz) trova il protagonista e insieme i soldati raggiungono un edificio di proprietà di Hargreave per accedere a un computer in grado di analizzare l'antidoto creato dalla nanotuta, ma Alcatraz viene attaccato poco prima di usare il computer da una squadra di C.E.L.L. ancora fedeli a Lockhart e il piano per analizzare la cura è interrotta da un Pinger (alieno Super-corazzato) e il piano fallisce. Il protagonista è quindi costretto a unirsi alla ritirata dei Marines verso Central Station, dove sono pronti dei treni per l'evacuazione dei civili sani rimasti in città. A causa di un pesante assalto Cef anche l'evacuazione fallisce e i Marines sono costretti a evacuare la gente tramite VTOL corazzati. Mentre l'ultima squadriglia di VTOL sta per terminare l'evacuazione, gli alieni lanciano un altro attacco ai marines ma Alcatraz, grazie alla nanotuta, riesce a inserirsi in una struttura aliena vicina e a liberare la cura in grado di uccidere i Cef, permettendo ai soldati di fuggire e di portare a termine l'evacuazione.

Hargreave rivela ad Alcatraz la sua posizione e organizza un incontro a Roosvelt Island. Raggiunta l'isola il marine è costretto a farsi strada tra le forze ribelli di Lockart, fino a quando riesce a trovarlo, ucciderlo e fuggire verso il luogo d'incontro. Alcatraz, arrivato a destinazione, subisce un'imboscata e viene catturato dalle forze di Hargreave, che voleva semplicemente la cura per vincere la sua guerra contro i Cef. Grazie all'aiuto di Tara Strickland (figlia del Maggiore Strickland di Crysis), un'agente CIA (Navy Seal Pluridecorata) infiltrata fra i C.E.L.L., Alcatraz riesce a liberarsi e raggiunge lo studio di Hargreave, dove scopre che il vecchio è in una vasca chiusa con un liquido che lo tiene in vita e che l'immagine che ha sempre visto non era altro che un ologramma. In quegli istanti, dopo aver capito di aver perso, Hargreave ordina l'autodistruzione dell'isola e invia una comunicazione a tutti i C.E.L.L. di aiutare Alcatraz nel fuggire dalla zona, ora assediata dai Cef. Il marine riesce appena in tempo a fuggire e viene recuperato dal dottor Gould e da Tara Strickland, che lo conducono a bordo di un veicolo fino a Central Park, dove gli alieni hanno dissotterrato un enorme struttura in grado di liberare le spore in tutto lo Stato. Alcatraz lotta contro il tempo per fermare la fuoriuscita del virus e, nonostante una forte resistenza Cef, riesce a sabotare la struttura che alla fine rilascia solo il virus in grado di uccidere gli alieni. A causa dell'enorme energia usata, la tuta si riavvia e Alcatraz sviene. Durante il sonno il marine comunica con i ricordi di Prophet (la memoria dell'ex possessore è nella tuta), che gli spiega le origini dell'invasione dei Cef: quella di New York è solo una piccola vittoria in una grande guerra che è appena iniziata. Quando Alcatraz si risveglia, viene contattato da un certo Karl Ernst Rasch: quando questi gli chiede il nome, il marine risponde "Mi chiamano... Prophet."

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