La potatura è una delle operazioni fondamentali per l'ottenimento di un bonsai degno di essere definito tale. L'operazione deve essere eseguita con l'ausilio di apposite forbici affilate, che riescano a penetrare comodamente nell'intrico della vegetazione e asportare con precisione rami e germogli superflui. L'intervento viene ripetuto periodicamente per contenere lo sviluppo della chioma: un ramo che tende a crescere troppo, verrà parzialmente reciso o privato delle gemme apicali; dopo il trattamento il ramo svilupperà piccole sottobranche che si estende-ranno in larghezza formando una chioma armoniosa e folta. Distinguiamo due tipi di potatura: la potatura dei rami e la potatura dei germogli e delle foglie.

1) La potatura dei rami serve innanzitutto a dare una forma base al nostro bonsai. Si tolgono i rami che crescono alla base del tronco fino ad un terzo circa del tronco stesso, così come i rami antiestetici e malati verranno eliminati asportandoli completamente. Vanno eliminati anche i rami sovrapposti e che si incrociano tra di loro creando disarmonia al bonsai. Cercate di asportare il ramo il più raso possibile al tronco; per facilitare ciò è opportuno usare le cesoie a taglio concavo. Seguendo la tendenza che hanno i rami in natura di allungarsi alla ricerca della luce, è una regola fondamentale che il bonsai abbia la caratteristica della triangolarità e della conicità.. Buona norma è dopo la potatura di un ramo, specialmente se di dimensioni considerevoli, applicare una pasta cicatrizzante per aiutare la pianta a superare il trauma subito e per disinfettare la ferita. La stagione adatta per la potatura varia sensibilmente a seconda della specie, solitamente è la primavera nel pieno dello sviluppo vegetativo, o prima dell'inverno visto che in quest'ultimo periodo la maggior parte delle specie vanno in riposo e perciò la linfa circola molto meno. E' importantissimo prima di qualsiasi taglio analizzare attentamente la forma del vostro bonsai, cercando di prevedere l'effetto dell'operazione, in quanto un'eventuale errore per essere corretto potrebbe richiedere mesi o addirittura anni di cure e di attesa.

2) La potatura dei germogli e delle foglie è considerata una operazione di rifinitura del nostro alberello per migliorarlo ulteriormente nell'estetica e nella forma. Nei bonsai a foglia caduca la potatura dei germogli genererà un fogliame composto da foglie più piccole; mentre nelle conifere la cimatura dei germogli, chiamata pinzatura, favorirà l'emissione di tanti piccoli aghi. La potatura dei germogli stimola la crescita di altri, perciò cercheremo di favorirla dove il bonsai la richiede, per esempio per infoltire una parte sguarnita. Per le conifere la pinzatura viene eseguita con le dita mentre per le altre piante e conveniente usare un attrezzo defogliatore.

- La cosidetta defogliazione invece è una tecnica usata per alcune varietà a foglia caduca che consente di sviluppare in una sola stagione la vegetazione di due anni. Il periodo più adatto per eseguirla và da maggio a luglio e consiste nel tagliare, con delle forbici molto affilate e pulite, tutte le foglie della pianta lasciando solo il peduncolo. Dopo breve tempo alla base del peduncolo sorgeranno nuove foglie di taglia più piccola e in numero maggiore che produrranno un bellissimo effetto estetico. Importante è ricordare che questa tecnica andrà effettuata solamente su bonsai che godono di ottima salute.

- Capita spesso di avere a che fare con bonsai dal tronco un pò troppo esile rispetto alla chioma. Si può in questo caso intervenire legando con del filo di alluminio la base del tronco proprio all'attaccatura delle radici stando raso terra il più possibile e cercando di non stringere troppo e nemmeno poco. Questa operazione che ingrosserà il tronco del vostro bonsai si esegue tra la primavera e l'autunno dopo di chè si rimuove il filo per non causare danni alla pianta.