E' stato assegnato da Kersh come agente in capo nella ricerca di Mulder, dopo la sua sparizione (alla fine della settima stagione).
Il suo primo impatto con Scully non è dei migliori, ma presto tra i due si instaura un rapporto professionale improntato al rispetto, se non proprio alla collaborazione.
Doggett è un uomo pratico, non prono agli intrighi in cui, suo malgrado, è coinvolto.
Nel suo passatto c'è stato un grande dolore che verrà approfondito nelle puntate a venire.
Egli è scettico per quanto riguarda gli alieni e tutti i fenomeni paranormali, e preferisce condurre le indagini alla vecchia maniera.
Si prende a cuore il ritrovamento di Mulder, anche se convinto che Mulder avesse molte cose da nascondere e abbia mentito a Scully in più di un'occasione.

John Doggett è interpretato da Robert Patrick (e doppiato da Luca Ward).

John Doggett compare in tutta l'ottava e la nona stagione.