Mulder e Scully cercano di contrastare i piani del sindacato, e di smascherare il complotto atto a facilitare l'inasione aliena.

Riassunto:
      Il film di X-files Fight the Future si inserisce subito dopo le vicende dell'ultimo episodio pieno di suspense della quinta serie. Con gli X-files chiusi dopo l'incendio avvenuto nell'ufficio del seminterrato.
      Il film si apre con una scena ambientata in un preistorico Texas, con due uomini delle caverne che catturano un essere alieno in una caverna di ghiaccio.
      Nel presente un giovane ragazzo di nome Stevie cade attraverso il terreno mentre gioca con i suoi amici ed atterra nella medesima caverna. Mentre i suoi amici sbirciano da sopra, Stevie viene attaccato dal cancro nero, che infetta anche due pompieri che tentano di salvarlo.
      Mulder e Scully, non più assegnati dagli X-files, ispezionano un edificio di fronte al quartier generale dell'FBI di Dallas dopo aver ricevuto una minaccia riguardante una bomba. Scully fa evacuare l'edificio quando Mulder scopre la bomba che poco dopo esplode, distruggendo l'edificio.
      I poteri presenti nell'FBI cercano di addossare tutta la responsabilità per l'accaduto su Mulder e Scully, e di dividere i due. Scully dice a Mulder che vuole dimettersi dall'FBI. Tornati a Washington, Mulder viene contattato dal Dott. Kurtzweil il quale gli dice che la bomba esplosa a Dallas faceva parte di una copertura di alcuni membri del governo.
      Mulder più tardi viene a sapere che il corpo di un giovane ragazzo e di due pompieri sono stati rinvenuti nell'edificio esploso, che pensavano fosse stato interamente evacuato. Questo fatto va ad aggiungere dei fondamenti alle affermazioni del Dott. Kurtzweil, che acquistano ulteriori conferme quando l'autopsia di Scully fatta ad uno dei pompieri non produce la causa della morte.
      Mulder cerca di convincere Scully ad aiutarlo nelle indagini relative al caso dicendole di aver bisogno di lei. I due scoprono una sinistra cospirazione del sindacato ombra atta ad aiutare gli alieni nel loro progetto di colonizzazione. Ed il loro ruolo nel pianificato Armageddon che coinvolgerà ogni uomo, donna e bambino sul pianeta.
      Ma perfino il sindacato viene colto in fallo, mentre il cancro nero ha subito una mutazione diventando un virus che infetta gli umani usandoli per creare una nuova forma di vita aliena. Un virus per il quale non vi è alcuna cura, tranne un blando antidoto sviluppato dai russi.
      Poi Mulder e Scully scoprono la fabbrica segreta situata nel deserto dove il sindacato alleva le api, api che saranno utilizzate come corrieri per il mortale virus. I membri del sindacato decidono di agire contro i due, facendo rapire Scully e sparando a Mulder. Il sindacato quindi infetta Scully col virus e la porta in un'installazione segreta in Antartide.
      Mulder lascia l'ospedale e tenta di trovare il Dott Kurtzweil per avere maggiori informazioni ma invece incontra l'Uomo distinto, che gli fornisce l'ubicazione di Scully ed una piccola quantità dell'antidoto russo. Mulder segue le tracce di Scully fino all'installazione in Antartide, in cui riesce ad entrare grazie ad un tunnel nel ghiaccio. Mulder si imbatte in migliaia di di crio-tubi contenenti persone infettate dal virus, che stanno incubando la nuova forma di vita aliena. Mulder riesce a localizzare Scully e le inietta l'antidoto, parte del quale entra nel sistema. Mulder e Scully fuggono dall'installazione appena in tempo per scoprire che in realtà era una nave spaziale aliena. Quando, ormai raggiunta una distanza di sicurezza, Mulder cade assieme a Scully guarda con timore l'astronave aliena volre sopra la sua testa e sparire tra le nubi. Alcuni istanti dopo Scully riprende i sensi.
      Un elicottero atterra vicino alla nuova fabbrica di api del sindacato nel deserto del Nord Africa, L'Uomo che Fuma esce e si avvia verso Strughold. I due discutono della nuova fabbrica e di come sta progredendo il loro progetto. L'Uomo che Fuma informa Strughold che Mulder è stato riassegnato agli X-Files e che potrebbe essere una minaccia per loro. Strughold ribatte, 'Lui è solo un uomo. Un uomo solo non può combattere il futuro.' L'Uomo che Fuma consegna quindi a Strughold un telegramma su cui si legge:
      "X-FILES RIAPERTI. STOP. PER FAVORE AVVISARE. STOP."