Negli anni quaranta Benito Mussolini viene in possesso di un tappeto nel quale vive un genio, grazie al quale riesce a diventare molto potente. Sfortunatamente lo stesso genio è anche la causa della sua distruzione in quanto i suoi desideri non sono abbastanza specifici.

vedi episodio 7x21 Je Souhaite

    In questi stessi anni gli scienziati del terzo Reich conducono una serie di esperimenti su cavie umane non consenzienti. Gli esperimenti, che si rivelarono barbari ed inumani, erano diretti a creare le basi di un programma eugenetico per migliorare la razza.
    Dopo la resa della Germania molti degli scienziati del programma eugenetico tedesco sono stati portati negli States ed assegnati all'Operazione Paperclip.
    Un industriale tedesco di nome Strughold fuggì dalla Germania, apparentemente dopo la caduta del terzo Reich, e si trasferì in Tunisia.

    In questi anni inoltre ricomincia la ricolonizzazione della terra da parte degli alieni.

vedi il Film

    Il 20 agosto 1940 secondo Frohike dovrebbe essere nato l'Uomo che Fuma presso Baton Rouge, Louisiana.
    Frohike, inoltre, riferisce a Mulder e Scully che l'Uomo che Fuma potrebbe aver scritto di sè stesso nel libro "A Second Chance". In tale libro alcuni elementi potrebbero essere autobiografici. Secondo il racconto, pubblicato nel magazine "Roman a Clef" nel 1996, il padre dell'Uomo che Fuma (alias Jack Colquitt) è un comunista convinto e tiene informata l'Unione Sovietica dei piani statunitensi riguardanti l'entrata nella Seconda Guerra Mondiale. Scoperto, viene giustiziato mediante sedia elettrica in Louisiana in base alla legge sullo spionaggio datata 1917, prima ancora che il figlio fosse in grado di camminare. La madre moure di cancro prima che il figlio riesca a parlare correttamente. Divenuto quindi orfano viene mandato in vari orfanotrofi del Midwest. A causa di ciò non si fece molti amici e molto del tempo lo passò in solitudine.
    In realtà la data di nascita non può essere questa in quanto lui e Bill Mulder appaiono già adulti in 3x10 731 ambientato nel 1953.

vedi episodio 4x07 Musing of a Cigarette Smoking Man

    Nel 1942 un'unità medica giapponese, 731, conduce su degli esseri umani degli esperimenti simili a quelli condotti dal tedesco Victor Klemper. Il capo del progetto è Takeo Ishimaru.

vedi episodio 3x10 731

    Sempre nel 1942 gli Agenti Speciali Sam Chaney e Tim Ledbetter spariscono presso Aubrey, Missouri, mentre indagano su tre stupri-omicidi nei quali la parola "sorella" veniva incisa sul torace delle vittime. I due agenti utilizzano la psicologia per risolvere il caso anni prima che questa tecnica venisse adottata dall'FBI. Anni dopo si verrà a sapere che sono stati assassinati da Harry Cokley, allora residente a Terrance, Nebraska, ad un'ora d'auto di distanza. Chaney è stato sepolto in un campo mentre Ledbetter nella cantina dove Cokley viveva all'epoca.

vedi episodio 2x12 Aubrey

    Ancora nel 1942 scompare da Macon, Georgia, un bambino di sei anni di Nome Josh Exley. Circa nello stesso periodo un uomo nero che dice di chiamarsi Josh Exley compare a Roswell, New Mexico, e comincia a giocare a baseballnella Cactus League. Exley adulto in realtà è un alieno grigio che ha cambiato forma per sembrare umano, perchè innamorato del gioco del baseball. Gli alieni non permettono di partecipare a giochi del genere e quindi lui decide di lasciare la sua "famiglia" senza permessom, progettando di giocare nella Cactus League in modo da evitare che le indagini delle leghe maggiori potessero compromettere il suo segreto.
    Un cacciatore di taglie alieno diviene un ufficiale di polizia pressso Macon in modo da poter vagliare i rapporti delle persone scomparse che riportassero il nome di Josh Exley.

vedi episodio 6x20 Unnatural