Nonostante la disfatta dei Titani non c'é pace per la sfera terrestre. Il nel febbraio dello 0088 le forze di Axis proclamano la rinascita di Zion e adottano il nome di Neo Zion, subito dopo Hamaan Khan manda le sue forze a prendere il controllo di ogni Side. L' Agama arriva nella colonia di Shangrila, la prima costruita a Side 1, niente altro che un mucchio di rottami abitato da gente disperata o senza scrupoli. L' equipaggio é sfinito, la nave danneggiata, dopo la sanguinosa battaglia contro i Titani e l' unico pilota sopravvissuto, Camille, non è più in grado di combattere, la situazione é disperata. Uno degli abitanti di Shangrila il quattordicenne Judo Ashita , un ragazzo sbandato che vive recuperando rottami, osserva l' arrivo dell' ammiraglia di AEUG e nota la capsula di salvataggio di un mobile suit, con l' aiuto di alcuni amici se ne impadronisce e la porta all' interno della colonia, grande é la loro sorpresa quando scoprono che al suo interno c'é un pilota dei Titani, Yazzam Gable, che ben presto riprende conoscenza e costringe Judo ed i suoi amici ad aiutarlo nel suo piano di vendetta contro l' Agama. Lo scopo primario di Yazzam é impadronirsi del Gundam Z, ma appena entrato nello spazioporto di Shangrila Judo si imbatte in Camille che con i suoi poteri newtype trasferisce in lui la sua esperienza di pilota, il giovane sale sullo Zeta, che era stato catturato dal pilota dei Titani, e attacca Yazzam che per la sua impresa si era impossessato di un mobile suit per compiti di lavoro, vince facilmente e AEUG recupera il mobile suit bianco.

 Ma alla colonia di Shangrila si avvicina l' Endora un incrociatore di Neo Zion che ha il compito di prendere il controllo di quella zona, l' Agama non é in grado di sostenere uno scontro e si rifugia nella profondità della colonia con i suoi uomini che utilizzano rottami e rifiuti per mimetizzarla. L' equipaggio dell' Endora inizia le ricerche della corazzata di AEUG che ancora una volta viene salvata da Judo salito sul Gundam. La nave ha bisogno di urgenti riparazioni e si dirige verso la stazione spaziale La Vie en Rose, uno dei centri ricerca della Anaheim Electronics, Judo sua sorella Lina ed i loro amici accettano la proposta di Bright di far parte dell' equipaggio. Ma l' Endora è al loro inseguimento ed i suoi mobile suit attaccano ripetutamente la Agama, nonostante ciò la nave arriva a destinazione, qui viene riparata e rifornita e ,soprattutto, riceve l' ultimo mobile suit costruito dalla Anaheim: il Gundam ZZ. Grazie a questo poderoso mezzo Judo é in grado di respingere l' ennesimo attacco dell' Endora, la nave di Neo Zion viene distrutta e parte del suo equipaggio viene catturato, ma nel combattimento sua sorella si perde nello spazio e finisce nelle mani di Neo Zion. In particolare viene presa in cura da Gremmi Toto un giovane ufficiale che si occupa anche di Elpe Puru, un Newtype di undici anni  che é la più giovane pilota di Neo Zion. Intanto le forze di Neo Zion continuano l' occupazione delle colonie, l' esercito federale però non sta a guardare ed organizza delle flotte di difesa, ma alcune di queste navi si uniscono alla flotta "punitiva" di New Desides, una nuova organizzazione formata da Titani rinnegati. Dopo essere stata dotata di un nuovo e potentissimo cannone a mega particelle l' ammiraglia di AEUG lascia La Vie en Rose con l' intenzione di attaccare l' asteroide Axis, patria ed ammiraglia di Neo Zion, Judo, convinto che sua sorella si trovi proprio nell' asteroide e cerca di recuperala prima dell' attacco della sua corazzata, ma scontratosi anche con Haaman fallisce nel suo intento, cosi come l' attacco dell' Agama, visto che la stazione spaziale riamane illesa al colpo del suo nuovo cannone.

 Haaman Khan decide allora di riunire le sue forze e di colpire il cuore stesso della federazione, inizia l' invasione della Terra con l' occupazione della capitale Dakar, l' intero governo è preso in ostaggio e costretto a cedere il controllo di Side 3, il vecchio Principato di Zion, nelle mani di Neo Zion impressionati da questa azione le forze superstiti di Zion e dei Titani si alleano con la potente armata . Intanto l' Agama si dirige verso la base lunare di Granada tallonata da una flotta di Haaman, qui atterra e si rifornisce ma venuti a sapere della caduta di Dakar la nave riparte per la Terra dopo aver sottratto a Neo Zion Elpe Puru che considerando Judo una specie di fratellastro accetta di far parte di AEUG. L' Agama attacca Dakar e con l' appoggio delle forze di Kabala i soldati di Neo Zion sono sconfitti e Judo finalmente salva sua sorella Lina. A questo punto le forze di AEUG si dirigono verso Dublino il vero quartier generale federale, qui vengono a sapere che il governo federale ha stipulato un accordo di pace con Haaman e che stanno per trattando la cessione di Side 3 sotto il controllo di Neo Zion, Judo e Bright si ribellano a queste decisioni e vengono imprigionati. Haaman decide di dare una prova della sua forza con lo scopo di velocizzare il processo di pace e lancia una colonia proprio contro Dublino ( che tipetto! ), gli uomini di AEUG e di Kabala si impegnano per evacuare la popolazione, per bloccarli  intervengono le forze di Neo Zion, e con loro una nuova Puru, si scopre così che su Axis esiste un' armata di cloni di Puru congelate e pronte all' uso.

  La mossa di Haaman fa il suo effetto e la Repubblica di Zion, lo stato fantoccio che dopo la fine della guerra di un anno governa Side 3, cessa di esistere e Side 3 passa sotto il diretto controllo di Neo Zion, Mineba Zabi torna sul trono dei suoi antenati, subito dopo il suo esercito lascia la Terra come stabilito negli accordi. L' Agama torna nuovamente nello spazio, la guerra é finita ma i suoi giovani piloti non sono d'accordo  e aspettano la prima occasione per fare la loro mossa. L' occasione arriva quando essi vengono trasferiti sulla Near Agama una nuova corazzata di cui rapidamente prendono il controllo dirigendosi su Side 3 con il consenso di Bright. Ma anche senza il loro intervento all' interno di Neo Zion regna il caos, Gremmi Toto reclama il trono, sfruttando la sua discendenza con gli Zabi, discendenza frutto dell' ingegneria genetica. L' esercito di Neo Zion si spacca in due, dalla parte di Gremmi si schierano numerosi newtype e scoppia una vera e propria guerra civile, le forze ribelli prendono il controllo di Axis mentre quelle di Haaman si rifugiano nella colonia di Core 3 assediate dalle forze di Gremmi, nello scontro interviene anche la Near Agama. Nasce una nuova battaglia a tre fonti, Gremmi stesso si occupa della nave di AEUG con il mobile armor Queen Mantha, un mobile suit alto 40 metri, Judo lo affronta con lo ZZ, interviene anche il clone di Puru che nell' attaccare Judo uccide accidentalmente il suo comandante. la flotta di Gremmi é in rotta mentre quella di Haaman é pressoché scomparsa, a questo punto intervengono anche flotte di AEUG e dell' esercito federale circondando i superstiti, Haaman attacca Judo a bordo del suo inseparabile Qubeley ma viene sconfitta e decide di uccidersi per non vivere in disgrazia ( i giapponesi! ). Neo Zion non esiste più e anche Mineba é scomparsa, le forze federali e di AEUG si prendono il merito della vittoria. Judo rimane deluso ed amareggiato dall' esperienza che ha vissuto, lascia AEUG e si imbarca con Roux Rouka, pilota del Gundam Z diventata la sua ragazza, in una nave per della flotta energetica che fa rotta per un lungo viaggio verso Giove.