All’inizio della navata destra, sopra la porta, S. Pietro Martire, opera attribuita al pittore viterbese Falaschi sec. XVIII.

La prima cappella è dedicata a S. Raimondo Penafort, che attraversa il mare con il mantello a mo’ di vela.

L’altare fu voluto da Papirio Bussi nel 1600, quando, liberato miracolosamente dalla prigionia dei turchi, con una piccola imbarcazione, da Tunisi riuscì ad arrivare a Civitavecchia.

Nell’arco seguente battistero di fattura moderna disegnato da G. Caraffa e realizzato da A. Pandimiglio (1925). Un bassorilievo di Dino Massi, che ricorda il V centenario della peste e del patto d'amore di Viterbo con la Madonna e sopra una Madonna con Bambino, opera attribuita al Caparozzi ( sec. XVI).

Il successivo altare è dedicato a S. Caterina da Siena con un dipinto di Giovan Ventura Borghesi di città di Castello, discepolo di Pietro da Cortona, raffigurante lo sposalizio mistico di S. Caterina con Gesù (1698).

Nell'arco seguente "Noli me tangere" di fra Bartolomeo della Porta [1504].

Nella V cappella "S. Vincenzo Ferreri" opera del pittore viterbese Giovanni Maria Mari (1721).

In alto il grande organo dono del Card. Peretti Montalto (1613) e al di sotto, tela con Madonna della Quercia e Santi (sec. XVIII).

All'ingresso della sagrestia un pennone bianco e rosso di nave turca, cimelio della battaglia di Civitavecchia che il cav. Antonio Domenico Bussi , comandante dell'ammiraglia della flotta dello Stato Pontificio presente a Civitavecchia, aveva donato alla Madonna in ringraziamento per la vittoria conseguita( 1695)

In alto sopra la porta che conduce in Sacrestia "Mater divinae gratiae" di scuola senese (1412) proveniente dalla chiesa di S. Maria della Ginestra, dedicata a San Giovanni Decollato, in Viterbo.

Infine l’altare di S. Michele Arcangelo opera moderna di Franco Picchioni pittore romano, copia del famoso S. Michele di Guido Reni.

Nelle navate laterali sono situati due confessionali in noce del secolo XIX.

Numerose sono le opere moderne presenti in chiesa:

Via Crucis in rame e argento sbalzato di Alberto Turchetti. Porte del tempietto della Vergine in rame sbalzato, opera di Roberto Ioppolo. Pietà, di Franco Calabrese, nel museo degli ex voto. Vetrate istoriate: una, sopra la cappella del Crocefisso, con teoria dei santi che sono venuti a venerare la Vergine e l’altra, nel rosone centrale, con la Madonna della Quercia riportata dagli angeli sopra l'albero, l’eremita senese Pier Domenico Alberti e San Pio V ambedue opera di Letizia Giuliani di Roma. Lunetta in terracotta, raffigurante la Fiera tenuta in Campo Graziano, posta di fronte al presepe, opera di Seldmann. Porticine di bronzo dorato che chiudono l’immagine della Madonna opera di L.Pinzi.