In fondo alla navata centrale, al centro del presbiterio, troneggia il capolavoro di Andrea Bregno (1490).

Tutto in marmo bianco di Carrara , il tempietto racchiude la tegola miracolosa, posta ancora sull’albero antico.

Nei vari pannelli si possono ammirare un presepe, le statue di San Pietro e di San Giovanni Battista a sinistra, quelle di San Paolo e di San Lorenzo a destra.

Intorno al tempietto vi sono degli affreschi opera di Michele Tosini, detto il Ghirlandaio perché nepote e discepolo del più famoso Rodolfo Ghirlandaio, eseguiti nel 1570.

Nelle pareti laterali, sulla sinistra San Domenico che tiene tra le mani un giglio e San Pietro Martire che regge una palma; sulla destra San Tommaso d’Aquino e San Vincenzo Ferreri.

Sulla facciata posteriore è dipinta la scena del miracolo del cavaliere che la Madonna rese invisibile agli occhi dei nemici. Fra i pilastrini sono dipinti Sant'Antonino, arcivescovo di Firenze e Santa Caterina da Siena.

All’interno, sopra il tronco della quercia che l'ospitò la prima volta, ed alla quale, tolta, sempre ritornò, riposa da più di 500 anni la Tegola dipinta da mastro Monetto, racchiusa in una cornice d'argento massiccio, dono del Cardinale Alessandro Montalto (1604).

La pittura è una tipica Madonna del XV sec. La Vergine ricorda, in alcuni particolari, le immagini bizantine.

Gesù bambino si volge a Lei, tenendo tra le mani una rondinella.

Tutto il quadro sembra voler esprimere questo concetto: Gesù che chiede alla Madre "che vuoi che faccia?" e la Vergine, con uno sguardo che non si dimentica, indica al Figlio il fedele in preghiera.

E’ uno sguardo che penetra, che scende nell'anima, che indaga, che assolve, che consola, che calma, che rassicura, che incoraggia.

Il fedele si alza, dopo aver pregato, sicuro che la Madonna non lo abbandonerà e gli occhi della Vergine gli rimarranno per sempre nella memoria.

Si racconta che mastro Monetto, mentre faceva il quadro della Madonna, arrivato al volto di Maria, si addormentasse.

Mentre era assopito sognò che degli angeli avevano eseguito il viso della Vergine.

Svegliatosi infatti lo trovò già completato. Non gli rimasero da fare perciò che i veli e le rifiniture.

Forse una leggenda, che però dice come, a tutti, questi occhi lascino un profondo ricordo.

Sul frontone centrale un affresco del 1866, opera del Gavardini, in cui è raffigurata l'incoronazione di Maria.

Opera del Prosperi sono invece gli affreschi della cupola (1867), che architettonicamente richiama molto i motivi di quella che il Brunelleschi fece a S. Maria del Fiore in Firenze.

E’ da dire che tutto il Presbiterio fu modificato dai restauri eseguiti nel 1861-1880 e che inconsapevolmente deturparono il progetto onginale.

Furono abbattuti infatti le due pareti, che dividevano il presbiterio dalle cappelle laterali e sulle quali pareti m° Giovanni de Vecchi dal Borgo di San Sepolcro, nel 1567, aveva dipinto dei bellissimi affreschi, che purtroppo andarono distrutti.