Osservando più attentamente, si vede che la sequenza principale non è esattamente una linea ma è leggermente allargata. Questo significa che stelle di identico tipo spettrale possono avere luminosità leggermente diverse. Le ragioni sono varie, e per la maggior parte poco conosciute. Prima di tutto vanno considerate le incertezze osservative nella determinazione esatta della luminosità e del colore della stella: fattori come la non idealità delle ottiche e dei filtri utilizzati e soprattutto la presenza dell'atmosfera (per quanto riguarda le osservazioni da terra) e del mezzo interstellare, possono rappresentare il termine dominante nello scatter della sequenza principale. Notiamo tra l'altro che questi fattori diminuiscono d'importanza al crescere della luminosità della stella. Invece, per quanto riguarda gli effetti per così dire intrinseci, si pensa che il motivo principale sia la diversa composizione chimica delle stelle, a sua volta legata alla loro storia evolutiva. In effetti, ci sono delle stelle molto povere di elementi pesanti che si trovano appena sotto la sequenza principale, nonostante anch'esse stiano fondendo idrogeno. Altri fattori possono essere la rotazione su se stesse, il campo magnetico, o addirittura la presenza di stelle compagne non risolte. Inoltre una stella aumenta (molto lentamente) la propria luminosità durante la sua permanenza nella sequenza principale, mentre sempre più atomi di idrogeno si trovano pronti per la fusione.