Dopo due secoli e mezzo dì storia l'organo Nacchini, di notevole valore storico e artistico, mostrava segni evidenti di deterioramento dovuti all'usura del tempo e a diverse e incaute manipolazioni Essendo lo strumento inattivo da quattro anni, era necessario rimetterlo in funzione o semplicemente riparando il motore o procedendo a un restauro più globale.

E' stata scelta la seconda via operando un restauro che abbiamo definito storico in quanto intendeva riportare lo strumento alle caratteristiche originarie.

Sono tolti perciò due registri (gamba 8^ e concerto viole 8^) che erano stati inseriti in omaggio a gusti musicali tardo romantici, ripristinando ex novo i registri dicima quinta e decima nona. Sono state pure rifatte le due serie di tromboncini che erano state asportate e che sono registri caratteristici degli strumenti del Nacchni. Tutte le canne in metallo sono state pulite e rimesse in forma, quindi trattate chimicamente contro i  danni del cancro del metallo. Le canne e le altre parti in legno sono state trattate contro il tarlo e ridipinte. Per quanto era possibile tutta la parte meccanica è rimasta quella originale con gli opportuni trattamenti. La pedaliera, è stata costruita ex novo secondo i canoni settecenteschi, mentre la tastiera è stata ricoperta con legno di bosso. Impegnativo è stato il lavoro al somiere (su cui appoggiano le canne) che ha dovuto essere delicatamente smontato e restaurato conservando il materiale originale. I mantici restaurati con pelle di agnello, potranno essere ancora azionati manualmente al posto dell'elettroventilatore che pure è stato installato ex novo.

La Ditta Piccinelli che ha eseguito il restauro, ha dovuto ovviamente smontare tutto l'organo per poter eseguire quanto sopra descritto nella sua bottega di Padova, e poi, oltre all'opera di rimontgggio, ha provveduto ad una accordatura molto accurata.

Ad opera conclusa, possiamo ben dire che lo strumento riacquista finalmente i pregi che gli furono dati dal Nacchini nel 1730