Beckett è ormai diventata capitano di polizia. Per festeggiare il suo primo giorno di lavoro Castle le regala un braccialetto con la scritta sempre. Proprio mentre lo riceve squilla il telefono, Beckett risponde e dice che si trattava di un call center. Dopo averle essersi fatta allacciare il braccialetto al polso Beckett si allontana dicendo che ha una riunione con i suoi nuovi capi. Nel frattempo Esposito e Ryan si contendono la scrivania di Beckett ed in questo frangente Ryan confida all'amico che la moglie è di nuovo incinta ed un aumento di stipendio non gli farebbe male. Ecco servito un omicidio e quindi eventuali straordinari. Castle va nel suo ufficio investigazioni e trova Franco Mancini, un brutto ceffo dall'aria inquietante sulle prime che però si dichiara soddisfatto per la risoluzione del suo caso di cui Castle non sa nulla. Scopre così che Alexis sta lavorando come "socia" presso la sua agenzia di investigazioni ed ha risolto già qualche caso. Mentre i due discutono arriva la telefonata di Esposito che è alla ricerca di Beckett, ma non trovandola insieme a Castle, chiede aiuto allo stesso per risolvere un caso. Arrivati sul posto trovano tre cadaveri che sembrano essere stati freddati da un cecchino. Analizzando meglio la scena del crimine intuiscono che il cecchino ha perso molto sangue e, cosa ben più grave, sembra che Beckett sia stata sulla scena del crimine: il ritrovamento del braccialetto che Castle le aveva regalato in mattinata, infatti, non sembra lasciare molti dubbi in proposito. Dopo aver analizzato il sangue sulla scena del crimine viene confermato che appartiene a Beckett. I documenti delle vittime però sono falsi così come la riunione di Beckett con i nuovi capi. Controllando la carta di credito di una delle vittime si risale ad un appartamento in affitto nella quale si nasconde un ex agente di Scotland Yard, Hayley Vargas (Toks Olagundoye) esperta in sicurezza informatica, ora assunta da una compagnia assicurativa alla quale un hacker ha rubato dei numeri di previdenza sociale e pertanto stava seguendo una pista per indagare. L'alibi della donna regge e pertanto sono costretti a lasciarla andare. È stato però trovato un furgone sporco di sangue vicino ad una lavanderia e pare che Beckett secondo testimoni sia passata di lì con un uomo indiano alla quale impartiva ordini. Si scopre così che la telefonata che aveva ricevuto in mattinata non era di un call-center, ma di questo fantomatico uomo misterioso. Beckett è nei guai e non potendo chiedere aiuto si è introdotta in lavanderia per ricucirsi la ferita. Sopraggiunge la telefonata di Alexis che chiede al padre di recarsi immediatamente nel suo ufficio. Una volta giunto là Castle troverà Alexis in compagnia di Hayley che si offre di dargli una mano a ritrovare sua moglie e, con il suo ritrovamento, a chiudere il caso a cui sta lavorando visto che sembrano strettamente collegati. Anche Alexis si mette sulle tracce di Beckett scoprendo che l'uomo che sta con lei ha bisogno di un'iniezione di insulina e pertanto decide di seguire questa pista che la conduce proprio sulle tracce di Beckett e sul suo fantomatico accompagnatore: si sono recati dall'ex senatore William Bracken. Si ipotizza così che sia lui il mandante tentato assassinio di Beckett. Castle si reca da Bracken per ottenere risposte, ma non ottiene nulla. Ryan ed Esposito sono preoccupati per Castle che risulta poco lucido e troppo preoccupato per la sorte della moglie. Proprio in quel momento Castle viene rapito da una donna che pensa sia al servizio di Bracken. Una volta risvegliatosi però scopre che anche loro stanno cercando Beckett. Ryan ed Esposito intanto interrogano Hayley Vargas, alla ricerca di Castle, la donna è l'ultima ad averlo visto. Quest'ultimo dopo essere stato torturato e quasi ucciso riesce quasi a scappare, ma viene riacciuffato. È allora che compare Beckett e lo salva. Quando però arriva il momento dei chiarimenti sopraggiunge la polizia e Beckett fugge lasciando Castle, Alexis, Ryan ed Esposito pieni di dubbi. Castle è visibilmente scosso ed arrabbiato e si sfoga con Alexis domandandosi perché la moglie lo tiene all'oscuro di tutto. Ne nasce una discussione con Alexis che gli fa capire quanto sia importante per lei che lui resti fuori dai guai. In quel momento entrano Ryan ed Esposito con l'identikit dell'uomo che sta con Beckett si tratta di Vikram Singh (Sunkrish Bala) analista dell'ufficio investigativo del procuratore generale a Washington. Non sembrano però esserci legami tra i due e Rachel McCord, l'unica che poteva aiutarli in quanto era l'agente che faceva coppia con Beckett a quei tempi, è morta la sera prima così come tutti quelli che potevano aiutarli a scoprire la verità. La donna che ha rapito Castle viene interrogata, ma non fornisce spiegazioni anzi lancia dubbi inquietanti sulla sorte di Beckett. Mentre sta per essere ricondotta in cella la donna si libera dalle guardie e impossessatasi di una pistola comincia una cruenta sparatoria all'interno del distretto. Esposito che risponde al fuoco insieme ad altri agenti la colpisce ed uccide. Lasciando però definitivamente in sospeso tutte le domande su quello che sta accadendo a Beckett. La puntata termina con l'arrivo di uomini armati nel nascondiglio di Beckett.

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