E' l'autentica speranza del calcio spagnolo che vede in lui le capacità e l'estro per emulare il gioco del portoghese Luis Figo, al quale tra l'altro, Joaquin si ispira.

Ha cominciato la sua carriera nella squadra B del Betis Siviglia a 18 anni, mettendosi subito in mostra e meritando il passaggio in prima squadra nella stagione seguente. Nell'ultimo campionato con i biancoverdi, con i quali ha un contratto fino al 2006 con una clausola di rescissione di più di 60 milioni di euro, ha conquistato un soddisfacente sesto posto, giocando un ottimo torneo (segnando anche 4 gol) e guadagnandosi la convocazione in Nazionale.

La prima partita con la maglia della Spagna Joaquin l'ha giocata contro il Portogallo il 13 febbraio 2002. Da allora con le ''Furie rosse'' ha collezionato 5 presenze, due delle quali ai Mondiali di Corea e Giappone.

Nel quarto di finale contro la Corea del Sud, terminato ai calci di rigore e costato l'eliminazione alla Spagna, ha giocato un'eccellente gara, ma ha sbagliato proprio il penalty decisivo.