Ha inizio all'incrocio con le vieSaraceno, Mazzini e Terranuova e termina in Via Carlo Mayr.
Questa strada era anticamente chiamata "Strada di Sant'Agnese" dalla stessa chiesa che sorge a metà della via. Questo piccolo tempio cristiano sorge attorno all'anno 1100 come ci testimoniano alcuni documenti. Dove ora si trova il seguito di Via scienze, Via Spronello, al suo incrocio con Via dei Baluardi nel medioevo sorgeva la Porta di Sant'Agnese che venne demolita per erigere il Castelnuovo nel 1428, anche esso distrutto quasi totalmente dal terremoto del 1570, ne restano due torri mozzate.
All'altro capo della via, sorgeva una torre detta di Sant'agnese del Terraglio che stava a guardia di un ponte che usciva dalle mura trecentesche e portava ai borghi fuori mura. Questa torre la possiamo osservare ancora oggi, mozzata ed inglobata in altri edifici, alla sua base ospita una delle tante attività di ristorazione della città.
La strada venne poi detta anche "Strada del Paradiso" dopo la costruzione del Palazzo Paradiso, delizia degli Estensi, viene poi denominata "Via delle Scienze" quando la suddetta delizia viene fatta sede dello studio pubblico ferrarese, l'Università ottenuta grazie ad Alberto d'Este marchese nel 1391. Oggi questo stupendo palazzo, restaurato è stato riadibito dall'inizio del secolo a Biblioteca Comunale che ospita centinaia di migliaia di volumi, manoscritti antichissimi e rari, incunamboli, incisioni ed altro.
In Via Scienze troviamo anche l'antica chiesetta di Sant'Agnesina alla quale era annesso sin dal 1192 un'ospedale, tale sacro edificio venne ricostruito poi nel 1765.