La ‘filosofia della natura’ «solleva [la natura] dal morto meccanismo [per] vivificarla con la libertà e porla nel suo libero sviluppo»; proprio gli studi scientifici suggeriscono la presenza della polarità (lo schema bipolare dell’Assoluto) a livelli progressivi di potenza (fisico, poi chimico e organico). Il punto di partenza deve essere la Natura perché essa rappresenta un presupposto reale della coscienza, essa la precede effettivamente nel tempo come suo stadio preparatorio; mentre per Fichte natura e coscienza si costituivano contemporaneamente, l’una in contrapposizione all’altra.
A sua volta, compito della ‘filosofia del pensiero’ è svolgere un’attività condizionante (illimitata e limitante) sulla conoscenza della natura: è a tutti gli effetti una filosofia trascendentale; essa deve cioè indagare «in direzione opposta, partire dal soggettivo, come primo e assoluto, e farne risultare l’oggettivo.» Dunque, l’Assoluto e la sua filosofia non sono altro che il riconoscimento, da parte del pensiero, dell’identità esistente fra soggetto e oggetto, cioè di una ‘indifferenza’ anteriore alla coscienza e alla natura.
Tale identità, appunto analizzata prima dalla ‘filosofia dell’identità’ e poi dalla filosofia positiva, è però meglio espressa dall’arte: «solo l’opera d’arte mi riflette ciò che altrimenti non è riflesso da null’altro: quell’assolutamente identico, che già nell’io si è separato...»; essa è unità di conscio e inconscio.
La ‘filosofia della libertà’ definisce la libertà sia come indipendenza del principio negativo rispetto al positivo sia come necessità data dal fondamento. Così nell’uomo (divinità decaduta) libertà è possibilità di scelta del male e di indipendenza rispetto a Dio; mentre per Dio libertà è necessità del fondamento originario stesso: «l’unità che in Dio è inseparabile, dev’essere separabile nell’uomo e qui è la possibilità del bene e del male.» Già qui emerge la dottrina del distacco del finito dall’Assoluto per una sua differenza intrinseca (il finito ha un legame essenziale col nulla, dunque può situarsi fuori dalla totalità indifferenziata), che serve a spiegare come le differenze sorgano dall’indifferenziato. Eppure il finito non può essere radicalmente distinto da Dio: esso è un modo di realizzazione dello stesso Assoluto, che non è vuoto indeterminato ma sistema di determinazioni potenziali le quali, proprio in quanto potenziali, non sono perfezione attuata e possono essere dette ‘indeterminatezza’ (un essere perfettissimo renderebbe impossibile ogni essere finito, meno perfetto).
Così il concetto di ‘filosofia negativa’, oltre a rispondere alle critiche di Hegel sull’Assoluto come indifferenziato, rappresenta la riaffermazione dei limiti di ogni filosofia speculativa (inclusa la filosofia dell’identità) che solo in base a definizioni razionali e formali indichi le condizioni di pensabilità del reale (dunque solo essere possibile, potenziale), ma rimanga perciò lontana dal reale (l’essere attuale) esprimibile invece nelle forme della ‘filosofia positiva’: una nuova traslazione di termini realizzata prima con la ‘filosofia del mito’ e infine con la ‘filosofia della Rivelazione’, una positività posta da un atto libero e creatore, non deducibile per via razionale, che accentua l’interesse per la religione e per Dio come Amore.
Ecco che alla base del Mito (religioni pagane e naturali) sta un’esperienza extra-storica, da cui la coscienza deve passare per formarsi l’idea del Divino, e nella Rivelazione c’è l’esperienza dell’autorivelarsi assolutamente libero di Dio, dell’Assoluto.