La principale caratteristica della geografia olandese è la piattezza del territorio: circa il 50% della superficie si trova a meno di 1 metro sopra il livello del mare. Una catena di dune e dighelungo le coste e le rive dei fiumi principali impediscono che queste zone vengano inondate, mentre numerose stazioni di pompaggio provvedono a rimuovere l'acqua piovana in eccesso.

La lotta per strappare il territorio al mare ed ai fiumi è uno dei temi ricorrenti della storia e della geografia olandese. Infatti buona parte del territorio è costituito da polders, ovvero da terreni strappati al mare o a lagune e paludi costiere.

Il punto più elevato dei Paesi Bassi è il Vaalserberg (321 m s.l.m.), nell'estremo sud-est del paese.