Si narra che quando Hogwarts fu fondata, tra i quattro fondatori nacque una disputa perchè Salazar Serpeverde voleva che l'accesso alla scuola fosse riservato soltanto ai figli dei maghi e non ai "mezzosangue" (figli di babbani); per questo alla fine Serpeverde lasciò la scuola ma, ad insaputa degli altri, creò una stanza nascosta (la Camera dei Segreti) e vi rinchiuse un mostro che sarebbe stato liberato soltanto da un suo erede e che avrebbe eliminato ogni mezzosangue presente nella scuola. L'ultima volta era successo 50 anni prima ed era morta una ragazza babbana. Molte persone vengono ritrovate pietrificate e Harry viene guardato con sospetto perchè molti credono che sia lui l'erede (Harry sa parla il serpentese, facoltà tipica degli allievi di Serpeverde). Harry trova il diario di Tom O. Riddle, uno studente vissuto a Hogwarts 50 anni prima. Lo stesso Riddle, attraverso il diario, gli mostra come era riuscito a catturare colui che aveva aperto la Camera l'ultima volta: è Hagrid, che per questo è stato espulso da Hogwarts. Harry va a trovarlo per chiedergli la verità e, prima di essere portato ad Azkaban (la prigione dei maghi), gli dice di seguire i ragni. Harry e Ron allora seguono i ragni nella Foresta proibita e arrivano nella tana di Aragog, un ragno gigantesco amico di Hagrid: non è lui il mostro di Hogwarts e Hagrid è innocente; il vero mostro è un'animale di cui i ragni hanno paura. Purtroppo anche Hermione viene trovata pietrificata e Jinnie, la sorella minore di Ron, viene rapita: un messaggio dice che se nessuno andrà a liberarla il suo corpo rimarrà per sempre nella Camera dei Segreti. Harry scopre che il mostro è un basilisco, un serpente enorme nemico naturale dei ragni, e l'ingresso della Camera dei Segreti (il lavandino del bagno delle ragazze). Harry riesce a entrare nella Camera e qui, distesa a terra svenuta, trova Jinnie e il fantasma di Tom Riddle, che si rivelerà essere nient'altro che Voldemort da giovane (l'anagramma Tom O. Riddle è "son io Lord Voldemort"): la ragazzina gli parlava attraverso il diario e lui l'ha manipolata e le ha fatto aprire la Camera liberando il basilisco. Tom riesce a sottrarre la bacchetta a Harry e richiama il basilisco. In aiuto di Harry arriva Fanny, la fenice di Silente, che acceca il serpente e porta ad Harry il cappello magico che contiene la spada di Cedric Grifondoro. Con il suo aiuto riesce a uccidere il basilisco e, distruggendo il diario, dissolve il fantasma di Tom Riddle. A Hogwarts arriva Lucius Malfoy con Dobby e a Harry viene in mente che è stato proprio lui a mettere il diario di Tom Riddle tra i libri di Jinnie a Diagon Alley e, con uno stratagemma, riesce anche a liberare l'elfo dalla sua schiavitù (per liberare un elfo domestico il padrone deve donargli dei vestiti Harry mette nel diario che restituisce a Malfoy un suo calzino: Malfoy, buttandolo via, lo "dona" simbolicamente a Dobby!). Le persone pietrificate, grazie ad un'antidoto, vengono risvegliate e Hagrid ritorna da Azkaban; Silente organizza una grande festa di fine anno scolastico annullando gli esami e assegnando ai Grifondoro la coppa delle case per il secondo anno consecutivo!