Ebbe inizio il 21 marzo 1098. I fondatori furono San Roberto di Molesme, Sant'Alberico e Santo Stefano Harding. Questi tre santi benedettini si misero a capo di un movimento di rinnovamento spirituale il cui intento era quello di vivere in pieno la Regola di San Benedetto, alterata nel corso dei secoli da influssi mondani. Era il ritorno alla "puritas", alla semplicità della Regola, ristabilendo così l'equilibrio dell'Ora et Labora. Dal luogo di fondazione, Citeaux (Cistercium) nei pressi di Digione in Francia, i seguaci di tale movimento furono chiamati Cistercensi.
Gli inizi del nuovo Ordine furono difficili, tanto difficili da temerne l'estinzione. Per il tenore di vita che si conduceva a Citeaux, vita aspra e rigida, le vocazioni scarseggiavano. L'abate Stefano, a cui era toccato il governo della comunità, offriva suppliche accorate a Dio affinché desse un segno di continuità all'Ordine, Dopo 14 anni il segno di continuità venne con Bernardo di Clairvaux (1090-1153) che nel 1112 entra a farsi monaco a Citeaux con 30 compagni, scelti tra i suoi parenti. L'estinzione veniva scongiurata; era l'inizio di una nuova vita. Bernardo darà una svolta decisiva: con la sua entrata in monastero, Citeaux non è più capace di contenere l'ondata di postulanti attratti dal fascino spirituale e dalla forza di persuasione presenti in Bernardo.
Si aprono le prime abbazie filiali di Citeaux, tra cui Clairvaux (Chiaravalle), alla cui guida è inviato come abate lo stesso Bernardo. Per la costruzione delle loro abazie ricercano luoghi solitari; per questo si impone loro un immane lavoro di bonifica. Zone paludose, inestricabili selve vengono trasformate dal paziente lavoro dei monaci, dando origine a luoghi di pace, di silenzio di contatto col Divino. I "monaci bianchi", come vengono chiamati, sono apostoli e pionieri di civiltà.
Nella spiritualità e nella mistica segnarono nuove vie. Nella liturgia riportarono la sobrietà e la semplicità. Nella agricoltura riportarono nella società l'amore e l'importanza del lavoro campestre; escogitarono nuove tecniche di bonifica e di irrigazione, ad esempio le marcite nel milanese). Nell'architettura crearono uno stile tutto proprio, sobrio e dignitoso, di cui ancora oggi possiamo ammirare la bellezza.