senz'altro la parte più interessante della chiesa. Si tratta di una stranissima doppia costruzione con due aule e due absidi. La parte più antica è la prima che incontriamo entrando e nella quale alcuni riconoscono parte dell'antico tempio romano della dea Feronia.
È un locale quadrilatero, diviso in tre ambienti, quasi tre piccole navate, da due grandi arconi a tutto sesto che sorgono dal pavimento e sorreggono le volte a crociera di semplice fattura. Il nicchione o abside del mezzo forse era il luogo dove si celebravano i sacrifici. Le mura di questa cripta sono di pietra travertina cornea e di gesso. Osservando l'esterno della piccola abside si vedono blocchi rettangolari di pietra e una piccola cornice: il loro stato di usura e la loro forma fanno credere che un tempo fossero a contatto con l'aria e gli agenti atmosferici.
L'ambiente fu ampliato verso il IX o X secolo. Il nuovo vano è scandito in tre parti da quattro colonne, impostate su più regolari volte a vela.
L'abside in fondo aveva funzione di coro per i monaci.