Il Dio di Israele disse a Mosè: 

«Farai un’arca di legno d’acacia e la rivestirai di oro puro. E dentro vi porrai la Testimonianza che io ti darò», comanda il Signore Jahweh. Mosè obbedi e costruì una cassa di 125 centimetri di lunghezza per 75 di altezza e larghezza e la rivestì di oro purissimo, coprendola con un coperchio dorato, detto propiziatorio. Sopra mise due piccole statuine, raffiguranti dei cherubini, ai lati della cassa incastrò quattro anelli in modo che questa potesse essere trasportata più agevolmente, senza toccarla, inserendovi due pali. All’interno dell’arca Mosè il profeta depose un po’ della manna raccolta durante la traversata del deserto, la magica verga con cui erano state scatenate le piaghe contro l’Egitto e separate le acque del Mar Rosso, ma soprattutto le Tavole dei Dieci Comandamenti, il segno tangibile dell’alleanza con Dio.
Mosè impose al suo popolo, per la custodia del sacro oggetto, tutta una serie di disposizioni tanto precise quanto incomprensibili.

Nel 587 a.C. le armate babilonesi sconfissero gli ebrei e li depredarono di ogni bene,compresa l'arca. Prima di quella data, una volta raggiunta la Terra Promessa, i leviti collocarono l’arca nel sancta sanctorum, una segretissima cella sotterranea di venti cubiti per venti nel Tempio di Gerusalemme. 
Si diceva che l’arca, in particolari momenti, si illuminasse e fosse in grado di scatenare la potenza divina, annientando migliaia di persone. In che modo questo avvenisse non è chiaro. Ma certo è che le antiche cronache bibliche dicono che con l’arca alla loro testa gli ebrei riuscirono ad annientare le decine di tribù ostili incontrate durante l’esodo nel deserto del Sinai.Le folgori dell’arca avrebbero distrutto le armate degli Etei e dei Gergesei, dei Gebusei e degli Evei e di un’altra decina di popolazioni che vivevano nella fascia di Canaan nel XIIIº a.C. Che cosa fossero queste folgori divine non è chiaro. In alcuni passi la Bibbia sottintende la presenza di un non meglio identificato angelo sterminatore, mentre in vari versetti dell’Esodo e nel Secondo libro di Samuele si dice chiaramente che chiunque toccava l’arca moriva percosso da Dio. Come accadde ai figli di Aronne, sebbene fossero proprio loro gli esperti custodi della reliquia, e ad un certo Oza che, volendo impedire che l’arca si rovesciasse durante un trasporto, la afferrò con le mani e morì all’istante. Ma la più grande vittoria dell’arca resta la distruzione della città di Gerico. Riguardo questo episodio il Libro di Giosuè è molto chiaro. Per ordine di Dio per sei giorni le armate di Israele, guidate da sette sacerdoti che recavano sette trombe di corno d’ariete e l’arca dell’alleanza, girarono attorno ai bastioni ciclopici. «E al settimo giorno, sonate le trombe, le mura crollarono», afferma la Bibbia. 

Ma se volessimo escludere l'intervento divino,e se la cronaca riferisse fatti realmente accaduti,quali altre spiegazioni si potrebbero dare?

Lo scrittore francese Robert Charroux dice che: «l’arca non era nulla di più che un’impressionante arma capace di sviluppare energia elettrica. Non dobbiamo dimenticare che Mosè, quando ancora veniva istruito come futuro faraone, aveva ricevuto dai sacerdoti egizi profonde nozioni alchemico-esoteriche di chimica, fisica e meteorologia tali da dare ragione di alcuni dei prodigi attribuitigli. L’arca dell’alleanza poteva essere una specie di forziere elettrico capace di produrre forti scariche dell’ordine dei 5-700 volt...» «L’arca era fatta di legno d’acacia - scrive il ricercatore - e rivestita di oro all’interno e all’esterno. Con questo stesso principio si costruiscono i condensatori elettrici, separati da un isolante che in quel caso era il legno. L’arca veniva posta in una zona secca, dove il campo magnetico naturale raggiunge normalmente i 600 volt per metro verticale, e si caricava. La sua stessa ghirlanda forse serviva a caricare il condensatore. Per spostarla i leviti passavano due stanghe dorate negli anelli, tanto che dalla ghirlanda al suolo la conduzione avveniva per presa di terra naturale, scaricandosi senza pericolo. Isolata, l’arca talvolta si aureolava di raggi di fuoco, di lampeggi, e, se toccata, dava scosse terribili. In pratica si comportava esattamente come una pila di Leyda...».

Secondo Charroux, dunque, l’arca altro non era che un’arma elettrica costruita sulla scorta di antiche conoscenze perdute e custodite solo dagli Iniziati egizi. Sempre grazie a queste conoscenze, che per il divulgatore svizzero Erich Von Daeniken erano invece di origine extraterrestre, Mosè avrebbe costruito un propiziatorio che funzionava come una radio a transistor. Solo in questo modo si spiegherebbe, per lo scrittore, il fatto che Mosè potesse parlare come ad un amico con il Signore Iddio. 
Queste ipotesi potrebbero spiegare l' interesse delle altre popolazioni verso l’arca santa. 

Il tempio di Gerusalemme, ove veniva custodita la sacra reliquia, venne saccheggiato molte volte: nel 925 a.C. dagli egiziani del faraone Soshenq Iº, nel 797 da Gioas re d’Israele, nel 621 dalle armate caldee e babilonesi. 
Secondo il rabbino israeliano Goren:«Basterebbe scavare in corrispondenza della sua antica collocazione. - dichiara Goren -Purtroppo però adesso in quella zona sorge la spianata delle moschee islamiche di Gerusalemme e le autorità religiose preferiscono evitare qualsiasi scavo archeologico per evitare attriti con i musulmani...»

Secondo un’altra versione l’arca dell’alleanza si troverebbe ad Axum, in Etiopia. A portarcela sarebbe stato un certo Menelik, che la tradizione vuole nato dal matrimonio di re Salomone con Makeda, la regina di Saba. Il figlio della giovane ed avvenente etiope, d’accordo con un pugno di ebrei ribelli, avrebbe rubato l’arca trasportandola segretamente ad Axum. E grazie ai poteri della stessa, i falascià di Menelik, cioè gli ebrei etiopi, avrebbero sollevato senza sforzo le centinaia di tonnellate dei giganteschi obelischi eretti ad Axum. 

Questa vicenda ha affascinato le decine di ricercatori che si sono messi sulle tracce dell’arca, dall’archeologo ebreo Vendil Indiana Jones, ispiratore dell’omonimo personaggio televisivo, allo studioso inglese Graham Hancock, un esperto di storia templare convinto che il sacro cofano sia custodito in una cappella nel lago Tana in Etiopia. Sfortunatamente, ognuna delle circa ventimila chiese copte dell’Etiopia custodisce una copia dell’arca. Trovare quella autentica è dunque una impresa quasi impossibile.
Ma forse i professori Vincenzo Francaviglia, direttore del CNR per le tecnologie applicate ai Beni culturali, Giuseppe Infranca dell’Università di Reggio Calabria e dell’architetto Paolo Alberto Rossi del Politecnico di Milano sono riusciti nell'impossibile: «Nel 1990 ci trovavamo ad Axum per un invito ufficiale del governo etiopico - ha raccontato il professor Francaviglia alla stampa - e, dopo una serie di cerimonie, venne organizzato un incontro con l’abuna, la massima autorità religiosa. Questi ci ricevette con i paramenti solenni e ci condusse a visitare la vecchia chiesa cristiana S.Maria di Sion ad Axum, una chiesa costruita nel Seicento dall’imperatore Fasiladas...Dietro l’altare maggiore, protetta da un baldacchino di velluto rosso con ricami, c’era l’arca. L’abuna non voleva affatto mostrarcela. Ma un giovane chierico aprì la tenda e noi potemmo vedere una cassa di legno scuro, lunga un metro e alta sessanta centimetri, con il tetto a doppio spiovente. Non c’erano più le lamine d’oro e la superficie stessa appariva deteriorata. Appena l’abuna si accorse che stavano osservando l’arca, rimproverò aspramente il chierico, ordinandogli di abbassare immediatamente la tenda...» 

Secondo la religione copta, difatti, non è concesso a nessuno di vedere l’arca.
Curiosamente tutti queste narrazioni sembrano dimenticare quanto scrive la Bibbia nel Secondo libro dei Maccabei, allorché viene raccontato dettagliatamente di come il profeta Geremia, salito sul monte Nebo, abbia deciso di nascondere l’arca «in un antro» poi murato, probabilmente per sottrarre il prezioso reperto alla furia delle armate del sovrano babilonese Nabucodonosor, che cingevano d’assedio Gerusalemme nel 587 a.C. Lo stesso Geremia, forse pentitosi della sua decisione, non sarebbe stato poi più in grado di ritrovare il punto esatto ove l’arca era stata nascosta. Sempre nel testo biblico, nell’Apocalisse, è scritto che l’arca riapparirà nei giorni del giudizio universale. In quel tempo «si riaprirà il tempio Dio in cielo e l’arca dell’alleanza apparirà fra le nubi». 

Usando i dati della Bibbia e alcune in formazioni storiche si possono fare delle ipotesi sulla possibile collocazione attuale dell'arca:

1) Nel 925 a.C. a Bubasti in Egitto i soldati del faraone Soshenq Iº saccheggiarono il tempio di Gerusalemme. L’arca potrebbe essere stata rubata e portata nell’antica capitale del Regno, non lontano da Tanis (Samaria ,Palestina) . Sfuggita al saccheggio egiziano, la cassa poteva essere caduta nelle mani di re Gioas di Israele nel 797 a.C., durante una lotta civile fra i popoli della Palestina. Babilonia, Mesopotamia. Nel 587 a.C. le armate caldee e babilonesi di re Nabucodonosor abbatterono il regno di Giudea e distrussero Gerusalemme, depredando il tempio.

2)Axum, Etiopia: le autorità religiose copte affermano che l’arca si troverebbe nella Chiesa di S.Maria di Sion o in una delle oltre ventimila chiese dell’Etiopia.

3) Il negus Hailè Selassiè vantava di avere fra i suoi tesori l’arca di Mosè. In tal caso, il posto migliore per nasconderla era una discreta banca della Svizzera.

4) Ma potrebbe anche darsi che l’arca, a seguito delle crociate nell’anno Mille, sia stata ritrovata dai templari (un’antica tradizione parla di un misterioso oggetto sacro ricevuto da questi ultimi dalla setta islamica dei Custodi Hashashin di Hassan Ibn Sabbah) e portata a Roma. In questo caso essa si troverebbe in qualche stanza segreta dei leggendari scantinati della Santa Sede. Di quest’idea è il rabbino capo Zvi Vinman di Gerusalemme, che, a proposito di una sua visita nei sotterranei vaticani, ha raccontato: «Trovai molti oggetti che i cristiani avevano strappato agli ebrei. Ma non vollero mostrarmi una stanza. Quando avanzai l’ipotesi che vi fossero conservati i tesori del tempio di Gerusalemme ricevetti, in risposta, un sorriso carico di misteri...»

5) Norimberga, Germania. Le truppe del führer potrebbero avere scoperto l’arca durante una delle loro segretissime missioni archeologiche. In caso di successo il prezioso tabernacolo potrebbe essere finito nella chiesa di S.Caterina a Norimberga, ove sul finire degli anni Trenta Hitler custodiva i sui tesori.