Quando Napoleone nel 1805 visitò l'Università di Pavia ricevette l'omaggio del corpo docente, ma non trovando Scarpa tra i professori chiese dove mai egli fosse. Gli venne risposto che non avendo prestato giuramento al nuovo governo aveva dovuto rinunciare al posto. Al che il sovrano replicò: "E che importano i rifiuti del giuramento e le opinioni politiche? Il dottor Scarpa onora l'università e i miei stati" e lo fece immediatamente reintegrare.
Molte e notevoli per importanza ed originalità di contenuto sono le opere che Scarpa diede alle stampe, soprattutto quelle relative alle sue ricerche di anatomia (nervo olfattivo, i nervi del cuore, nervo naso-palatino…). Dal 1800 la sua attività va sempre più orientandosi ed intensificandosi per la chirurgia; in particolare nel settore oculistico. Pubblica anche un opera sulle malattie degli occhi, tradotta immediatamente anche in francese, tedesco ed inglese. Seguirono opere sull’aneurisma, sulle ernie, sul cancro e sulle ossa.
Nel suo cammino di scienziato infaticabile e geniale stabilisce una grande amicizia con Alessandro Volta. Autoritario ed intransigente, ebbe pochi amici e molti avversari; era apprezzato per il suo indiscutibile valore, ma temuto e da qualcuno odiato, in particolare da Spallanzani. Negli ultimi anni di vita gli rimasero fedeli solo due suoi allievi: Cairoli e Panizza, suo successore alla cattedra di anatomia.