E’ sotto Alfonso d’Aragona, che la Sicilia diven-ne una vera e propria provincia spagnola, concepita sol-tanto in funzione degli interessi della madre-patria.
Alfonso, infatti, dopo avere conquistato anche il regno di Napoli, si nominò re delle “due Sicilie” e si dedi-cò alla costruzione di palazzi, chiese e case. Sono di questo periodo il palazzo Pretorio o delle Aquile, la chiesa di S. Maria dello Spasimo, la chiesa della Gancia, la chiesa di S. Maria della Catena e numerosi altri edifici minori. Vengono inoltre costruite nuove arterie viarie ortogonali e dritte che vanno a tagliare i vecchi quartieri medioevali, determinando un nuovo allineamento.
Nella seconda metà del ‘500 si prolunga il Cassaro fino al mare e nei primi del ‘600 si taglia la via Maqueda. Tali edificazioni vengono concepite, da un lato per un’esigenza propria del tempo di ordine e serietà e dall’altro per una certa volontà, da parte del potere egemone, di operare un netto cambiamento rispetto alla precedente struttura urbana arabo-normanna costituita da veri e propri labirinti viari, al fine di lasciare un’immagine del proprio passaggio sul territorio.
Un altro motivo di questa operazione fu, indubbiamente, la volontà di spostare il baricentro del potere dalla vecchia sede del Palazzo Reale al nuovo Palazzo Pretorio, recentemente arricchito della nuova, magnifica Fontana Pretoria.
Tale fermento costruttivo, però, si pose in netto contrasto col reale declino economico. Palermo subì, infatti, un impoverimento talmente grave da condizionare il suo futuro sviluppo. La plebe sopravvisse in uno stato di totale povertà, falcidiata da pestilenze e carestie.
Durante il governo spagnolo si successero sessantotto viceré; questi avevano il compito di proteggere i privilegi della corona spagnola, mantenendo un certo equilibrio tra il sovrano e i baroni siciliani. I viceré nominavano i presidenti delle tre camere del Parlamento: la camera del potentissimo clero, la camera dei baroni e quella reale. Questi tre gruppi di potere, totalmente corrotti, schiacciarono il popolo con ingenti tasse e mal retribuirono i lavoratori.
E’ durante questo periodo che nasce in Sicilia la malavita organizzata, che successivamente darà vita alla mafia. Inoltre, a causa dell’impoverimento delle terre, dovuto alla mancanza d’acqua, le campagne si spopolarono e l’intera isola, un tempo granaio d’Europa, cominciò a patire periodiche e terribili carestie.
Altro avvenimento che segnò gli eventi di quest’epoca fu l’istituzione, nel 1487, del Tribunale del Sant’ Uffizio o dell’Inquisizione all’interno di Palazzo Steri a Palermo.
Tale tribunale si occupò di far condannare ed uccidere centinaia e centinaia di presunti eretici e di certi nemici della Spagna.
Questo clima di terrore fu però camuffato da feste, processioni, giochi pubblici e sfarzosi ricevimenti che tentavano di far dimenticare al popolo la disperazione e la fame. La situazione comunque si aggravò con la diffusione del brigantaggio e le incursioni barbaresche, alle quali fece fronte Carlo V, fondatore della dinastia degli Asburgo di Spagna ed imperatore di Germania, che nel 1535 giun-se vittorioso a Palermo, entrando nella città dalla Porta Nuova.
L’imperatore, però, deluse le aspettative dei paler-mitani e alla sua morte, Filippo II prima e Filippo III dopo, riportarono Palermo e la Sicilia tutta in condizioni economiche gravissime.