L'identità bizantina si esprimeva nell'orgoglio di un Impero cristiano per eccellenza, cui spettava il compito di difendere la vera fede dai pagani e dagli eretici. A Bisanzio l'imperatore non era soltanto il comandante supremo dell'esercito, il sommo giudice, l'unico legislatore. Era colui che riceveva da Dio il potere e il compito di proteggere la sua Chiesa.
Tipica dell'Impero bizantino fu appunto una progressiva simbiosi con la Chiesa, che pose quest'ultima in una posizione privilegiata, ma anche subordinata all'imperatore. Tutti i sovrani di Bisanzio avrebbero sottoscritto le parole rivolte da un imperatore al papa di Roma: «Voi potete contrastarmi, reverendo sire, potete insultarmi. Ma non potete comandarmi». Questo tipico rapporto in cui la chiesa viene considerata un organo dello Stato e il capo dello Stato assume prerogative e competenze in campo spirituale, viene chiamato cesaropapismo (da «cesare» e «papa»). La netta affermazione di questo principio a Costantinopoli fu alla base della frattura che si creò tra il papa di Roma e l'imperatore d'Oriente e che si riflette ancor oggi nel distacco tra il cristianesimo greco (ortodosso) e quello latino (romano).
L'imperatore bizantino era oggetto di un culto politico-religioso, in cui gli elementi tradizionali dell'ideologia imperiale romana si fondevano con elementi prettamente orientali. Di fronte alla sua sacra persona, che l'arte ufficiale ritraeva in atteggiamenti ieratici, tutti i sudditi, anche i più alti dignitari, dovevano prostrarsi fino a toccare terra.
Dal punto di vista dottrinario, la situazione religiosa dell' Impero bizantino era però estremamente complessa e lacerata. Il punto caldo del dibattito religioso riguardava la natura del Cristo, vale a dire il rapporto fra l'umanità e la divinità del figlio di Dio. Una prima controversia fu provocata dal patriarca di Costantinopoli Nestorio, secondo il quale la persona divina del Figlio, generata dal Padre divino, e la persona umana di Gesù, generata da Maria, convivevano in un'unica personalità che le comprendeva entrambe.
Il nestorianesimo ebbe una larga diffusione, soprattutto in Siria e in Mesopotamia, ma fu duramente condannato dal concilio di Efeso del 431, che riaffermò la dottrina secondo la quale in Cristo la natura umana e la natura divina costituivano un'unica persona. Questo dibattito provocò la diffusione di altre dottrine, prima fra tutte il monofisismo, così chiamato (da mónos, «uno», e phýsis, «natura») perchè riconosceva nel Cristo una sola natura, quella divina. Il monofisismo attecchì a fondo in Siria e in Egitto, ma fu ugualmente contrastato dalle gerarchie ecclesiastiche e dal potere imperiale, dato che sembrava compromettere il significato salvifico del Figlio incarnato, che si basava appunto sull'integrità simultanea delle due nature in un'unica persona.
La condanna del monofisismo fu solennemente proclamata nel concilio di Calcedonia del 451. La persistenza del monofisismo in regioni vitali per l'Impero, quali erano appunto la Siria e l'Egitto, e lo stato di perenne agitazione in cui versavano le popolazioni di quelle provincie a causa delle reiterate persecuzioni che su di loro si abbattevano determinarono tuttavia una notevole oscillazione della politica imperiale a riguardo.
