L'attuale Bandiera navale della Marina Militare Italiana risale al dopoguerra, a quando è stata istituita con un decreto dell'allora Capo dello Stato Enrico De Nicola il 9 novembre 1947.

Sul decreto, pubblicato dalla Gazzetta Ufficiale il 29 novembre '47 (n. 275), all'articolo 1 si legge che la Bandiera navale della Marina Militare "è costituita dal Tricolore italiano, caricato, al centro della banda bianca, dall'emblema araldico della Marina militare, rappresentante in quattro parti gli stemmi delle Repubbliche marinare (Venezia, Pisa, Genova, Amalfi), e sormontata da una corona turrita e rostrata".

L'uso del tricolore sulle navi va tuttavia fatto risalire al 1848 quando l'Italia unita era ancora di là da venire. Con il Regio Decreto del 15 aprile di quell'anno, Carlo Alberto dispone "che la stessa bandiera, quale simbolo dell'unione italiana, che sventola sulle schiere da Noi guidate a liberare il sacro suolo d 'Italia, sia inalberata sulle Nostre navi da guerra". Esse "inalbereranno, quale bandiera nazionale, la bandiera tricolore italiana (verde, bianco e rosso) con lo scudo di Savoia al centro. Lo scudo sarà sormontato da una corona.

Il 30 dicembre 1939, il Sottosegretario di Stato per la Marina, Ammiraglio d'Armata Domenico Cavagnari, chiede alla Regia Consulta Araldica del Ministero degli Interni di riconoscere un emblema araldico alla Marina (allora Regia Marina). Emblema che, scrive Cavagnari nella lettera di richiesta, occorre "saldare, gettato in bronzo, sulla prora delle navi" e che riunisce "emblemi caratteristici della Marina imperiale di Roma, delle Repubbliche Marinare di Venezia, Genova, Pisa e Amalfi e della Marina imperiale. [...] In cuore, soprapposto ai quattro quarti, lo scudo sabaudo affiancato dal fascio littorio. A simboleggiare l'origine della marineria di Roma, lo stemma è sormontato dalla Corona turrita e rostrata, emblema di onore e di valore che il Senato romano conferiva ai duci di imprese navali, conquistatori di terre e città oltremare".

Lo stemma proposto dall'Ammiraglio Cavagnari viene concesso con Regio Decreto durante la guerra, nell'aprile '41. I problemi di applicabilità del decreto derivanti dal conflitto prima e dall'armistizio del '43 poi, fanno dimenticare la questione che viene riaperta solo alla fine del '47 dal Presidente Enrico De Nicola che istituisce la "Bandiera navale" della Marina Militare della Repubblica Italiana epurandola dal blasone sabaudo e dai due fasci littori a seguito del Referendum del 1946.

Come è nata la necessità di uno stemma per la Marina Militare? Per le nostre navi non sarebbe stato sufficiente inalberare la semplice bandiera italiana? La ragione è poco nota: la "disadorna" bandiera tricolore avrebbe potuto generare degli equivoci durante la navigazione perché in tutto conforme all'insegna della Marina del Messico. Si è quindi deciso di adottare l'emblema araldico del '41, poi modificato da De Nicola nel '47 e che campeggia ancora oggi sullo sfondo bianco del tricolore italiano.