Il Passato, il Presente e il Futuro sono problemi molto sentiti dalla popolazione terrestre. Per gli uomini è infatti possibile scegliere la vita eterna, poiché un corpo meccanico elimina ogni tipo di problema di salute. Sulla Terra si formano così due caste.

Un viaggio sul Galaxy Express 999 è visto dai più poveri come l'unica possibilità ditrovare nell'universo, un pianeta dove poter trovare un corpo meccanico. Questo è lo scenario, comune alla serie televisiva, in cui hanno inizio le avventure di Tetsurou, dal suo incontro con la misteriosa Maetel al suo arrivo al capolinea del Galaxy Express. Durante questo viaggio infinito, l'orfano Tetsuo vuole vendicare la madre e diventare immortale. Per questo deve prendere il Galaxy Express 999, per raggiungere un pianeta dove avere un nuovo corpo meccanico ... Allo stesso tempo, vuole vendicarsi del Conte Meccanico, l'assassino della madre.