La trama:

Numero dei volumi Giapponesi: 20 

Numero dei volumi Italiani: 26

La storia inizia in maniera apparentemente semplice e consueta. Il protagonista è un liceale che frequenta un istituto maschile, innamorato della sorella Sara. Quest'amore incestuoso lo porta ad avere numerosissimi problemi di coscienza. Consapevole che la legge di Dio impedisce ai fratelli di sangue d'amarsi, nonostante tutto non può fare a meno di sentirsi indissolubilmente legato a Sara. Anche questa, tuttavia, ricambia i suoi sentimenti e tutto questo porta la loro madre a voler allontanare i fratelli a tutti costi perché sa che altrimenti, una volta morti, attenderebbe loro l'Inferno. La storia si complica sin da subito. Setsuna, il protagonista, altri non è che la reincarnazione dell'Angelo Organico Alexiel, secondo solo a Dio. L'angelo femminile ha scelto per questa reincarnazione, questo ragazzo, dal quale però, non vuole più staccarsi, perché in questo modo terminerebbe quest'amore disperato per la sorella. In contemporanea a questi eventi, Katan, un cherubino disceso sulla terra, dà a diversi studenti un video-gioco (Angel Sanctuary), in maniera tale che questo rubi forza vitale e vita ai giocatori e questa possa essere utilizzata per la resurrezione di Rosiel, l'Angelo Inorganico fratello di Alexiel. Il Paradiso versa in condizioni disperate, la dittatura dei serafini, ed in particolare di Sevovtarta, sta portando il Cielo ad un rapido declino. Katan è convinto che Rosiel sia l'unico che possa riportare l'ordine in cielo, dato che Dio pare al momento assente. Il rapporto fra Angelo Organico ed Inorganico è oscuro, all'inizio. Sono fratelli, il primo ha combattuto a fianco dei Demoni, però, durante la guerra fra Cielo e Inferno. Poco prima di spegnersi,  Alexiel sigillò Rosiel nella Terra, infrangendo una promessa fatta allo stesso: avrebbe dovuto ucciderlo. L'impianto iniziale della storia, quindi, vede Alexiel e Rosiel rinati, ancora una volta su fronti opposti, l'anima di Alexiel legata a quella di Setsuna, mentre la mente di Rosiel attaccata da una follia che lo sta portando alla totale distruzione. Sin da subito appaiono anche altri personaggi chiave del racconto, primo fra tutti Sakuya Kira, Senpai di Setsuna che altri non è che la reincarnazione dei Nanatsusaya, spada malefica dalle sette punte, schiava di Alexiel.

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