La costa di Alghero si estende da sud (spiaggia della Speranza) a Nord (torre Bantine e Sale) per circa 80 km in un continuo intercalare di litorale roccioso e spiagge.
Partendo da sud la costa si presenta quasi interamente rocciosa e abbastanza frastagliata pur non dando origine a profonde insenature. Il fondo del mare in questo tratto di costa non scende rapidamente, cosicché spesso anche a 150 metri dalla linea costiera non supera i 12-15 metri di profondità. da questa linea baltimetrica, ma talvolta anche prima, si estendono vaste praterie di Posidonia oceanica, la fanerogama marina più diffusa nel Mediterraneo, il cui limite inferiore si estende fino ai 30-35 metri.
La città sembra segnare una sorta di spartiacque lungo la costa. Infatti, a Nord si essa si estende, in una dolce insenatura, la spiaggia più lunga dell'intero litorale, circa 5,5 km, sulla strada che congiunge Alghero alla borgata di Fertilia. Il mare antistante alla spiaggia è poco profondo e, prendendo l'isolotto della Maddalenetta come estremo limite, la profondità non supera mai i 15 m. Tutto questo tratto è dominio incontrastato di Posidonia oceanica. Ettari ed ettari di prateria, appena interrotti da brevi formazioni rocciose per lo più collegate all'isolotto, costituiscono un immenso spazio per miriadi di pesci, il rifugio ideale per moltissime specie di Crostacei, Molluschi etc. in una moltitudine di esemplari che l'occhio del subacqueo spesso non scorge.

A nord-ovest della borgata di Fertilia la costa riprende ad essere rocciosa, sia pur intervallata da piccole quanto splendide spiagge (Le Bombarde, Il Lazzaretto).
Questo tratto di costa degrada dolcemente ed il fondo del mare sembra seguire questo declivio. Ancora una volta domina la Posidonia oceanica, anche se i suoi insediamenti non raggiungono, salvo rare eccezioni, i limiti superiori che possono essere osservati in altri punti della costa. Capo Galera è il limite Ovest della rada, ed il suo ergersi dal mare sembra ricordare la ben più possente roccia di Capo Caccia . Da Capo Galera la roccia è prevalentemente di natura calcarea (cretaceo) e scende a picco sul mare il cui fondo a sua volta degrada immediatamente con profondità che, a poca distanza dalla costa, raggiungono i 30-40 m.
Lungo questo tratto di costa si aprono numerose cavità e grotte di estremo interesse. In taluni casi queste presentano pericolosi sifoni che consentono di penetrare per diverse decine di metri all'interno del massiccio calcareo. Singolare tra esse è la "Grotta dei Laghi", scoperta negli anni 60. Più avanti, lungo il costone che porta verso Punta Giglio, si incontra la grotta "Falco" e dopo circa 200 m., con la bocca rivolta verso ovest, la grotta del "Bisbe". Dopo di essa, la costa diviene ancor più ripida e numerose altre cavità si aprono ungo le pareti verticali. Di estremo interesse è la grotta del "Giglio" che si trova alla base della penisola formata da Punta Giglio, uno dei capi che chiudono la baia di Porto Conte: la sua parete è a picco sul mare, qui il fondo raggiunge immediatamente i 20 m. di profondità e presenta, lungo il lato occidentale del capo, alcuni roccioni che sprofondano nella sabbia.
   Le cale che seguono Punta Giglio sono particolarmente belle e consentono un buon ancoraggio in quanto riparate dal maestrale che è il vento dominante ad Alghero. Il fondo delle due cale è prevalentemente roccioso e degrada rapidamente da -3 a -20 m. Tale profondità coincide con il limite delle cale stesse.

Dalle cale di Punta Giglio in poi la costa, pur ancora a picco, tende ad abbassare il suo profilo. Anche qui, superato capo Bocato e procedendo verso Punta del Cerchio, si trovano alcune grotte di notevole interesse, tra cui la grotta del "pozzo".
Più avanti la costa si fa sempre più bassa man mano che si procede verso la parte più interna della Baia di Porto Conte fino a  divenire, superata la penisola su cui si erge la Torre Nuova, una scogliera che presto lascia il posto alla spiaggia di "Mugoni". Questa spiaggia, nel cui entroterra è stata impiantata una bella pineta, è tra le più lunghe di tutta la costa algherese con uno sviluppo che supera i 4 km. Il fondo del mare relativo a questo tratto di costa è sabbioso e declina molto dolcemente non superando, presi come limiti la penisola della Torre Nuova da una parte e Punta del Dentul dall'altra, i 10-12 m di profondità. il dominio di Posidonia oceanica è quasi incontrastato, e solo nel tratto iniziale della prateria sono presenti altre fanerogame marine come la Cymodocea nodosa, che è molto più piccola della Posidonia, e Zostera.

Procedendo verso Capo caccia, nei pressi dei resti di un antico insediamento romano, la costa mostra ancora un profilo basso, il fondo del mare degrada molto lentamente, più avanti invece la costa riprende a salire e, superata Punta del Dentul, si presenta particolarmente scoscesa. In corrispondenza di questo tratto di costa, costituita ancora una volta da calcare del cretaceo, il fondo degrada più rapidamente con fondali rocciosi, in parte sabbiosi o fangosi, e frane sparse.
Subito dopo si pare la cala di Tramariglio, forse la più bella dell'intera baia e di certo la più protetta dai venti del quarto quadrante. Tramariglio è racchiusa da due capisaldi ed al suo interno il dominio di Posidonia oceanica è tale che in alcune parti addirittura affiora. Solo nella parte più interna della cala e probabilmente in corrispondenza di una polla d'acqua dolce, la Posidonia regredisce lasciando spazio a Cymodocea nodosa e a Zostera, ma si tratta comunque di aree molto ristrette tanto da richiedere un'attenta osservazione per essere individuate.
Superata la cala di Tramariglio la costa riprende ad essere alta sul mare e, da qui a Cala del Bollo, si susseguono fondali di rocce franate che abbastanza rapidamente degradano raggiungendo i 20-25 m di profondità. Anche in questo tratto di costa si possono osservare piccole cavità nella roccia, ma rispetto alle numerose grotte di Punta Giglio e di Capo Caccia, appaiono di certo meno importanti. Cala del Bollo è una cala particolarmente dolce, il profilo della costa, dominato dal caposaldo calcareo di Punta del Quadro alto circa 15-20 m, tende ad abbassarsi sino a dar luogo ad una breve spiaggia presso cui insiste un insediamento turistico. Subito dopo la costa riprende ad alzarsi mantenendo una fisionomia costante, tranne la caletta della Dragonara, e ospitando numerose cavità sia aeree sia sommerse di un certo interesse.
Più avanti la costa diventa particolarmente ripida sino alla cala della grotta Verde dove si trova una spiaggia formata da ciottoli bianchi. I fondali di questo tratto di mare, come di quello successivo, sono tra i più vari di tutta la baia poiché alternano tratti rocciosi ad altri sabbiosi e a prateria. Superate tali cale lo strapiombo raggiunge i suoi massimi, il fondo degrada rapidamente fino a 40-45 m già a pochi metri dalla costa. Si tratta della parte di maggior interesse di tutta la baia: qui infatti si aprono diverse grotte una più bella dell'altra, a diverse profondità e di diverse dimensioni. Ricordiamo tra le tante la grotta "Pizzi e Ricami, grotta subaerea di notevole bellezza, sotto la quale, a circa 8 m di profondità troviamo l'ingresso della grotta del "Thorogobius". Più avanti in corrispondenza di un'effige della Madonna, posizionata sulla parete rocciosa a 1-2 m dal livello del mare, si trova l'ingresso della grotta della "Madonnina" a circa 12-15 m di profondità.
Poco più oltre la grotta della "Madonnina" si erge il promontorio di Capo Caccia che con la sua possente roccia chiude la baia di Porto Conte. Proprio sotto la punta estrema di questo promontorio, detta "Punta dell'Asino", si trova il complesso di grotte sommerse più vasto del Mediterraneo. Si tratta delle grotte di Nereo, conosciute dai subacquei fin dagli anni 50.
Superato il promontorio di Capo Caccia la costa prosegue a strapiombo sul mare con balzi sempre più vertiginosi che raggiungono, nei pressi del semaforo, l'altezza di circa 250 m. Il fondo del mare scende rapidamente, e ad una prima parte di natura rocciosa fanno seguito fango sabbia detriti e qualche scoglio.
Più avanti si pare Cala Inferno, una splendida insenatura che offre un ottimo ancoraggio quando spirano Tramontana e Levante. Qui il fondo degrada più dolcemente in corrispondenza del litorale ciottoloso della parte più interna della cala, e solo nei punti foranei raggiunge i 20 m di profondità. La costa prosegue alta sul mare fino a Cala Puntetta che precede Cala Barca, si tratta di un'insenatura dal fondo prevalentemente roccioso ai bordi e sabbioso-fangoso nella parte centrale.  L'orizzonte di Cala barca è dominato dall'isola Piana, l'isola più grande della rada di Alghero: tra la cala e l'isola corre il canale, detto appunto dell'Isola Piana, percorso quasi in continuazione da una corrente verso il mare aperto che, in certe circostanze, diventa piuttosto forte tanto da ostacolarne la risalita a nuotatori non particolarmente abili. Il fondo è roccioso a ai bordi, con numerose ed assai interessanti cavità, e sabbioso, con vasti insediamenti di Posidonia, nella parte centrale che non supera i 18 m. di profondità.

Lasciata Cala Barca la costa diventa ancora più alta e raggiunge il suo massimo con Punta Cristallo, circa 326 metri di strapiombo. E' senza dubbio uno dei tratti più suggestivi dell'intera costa algherese: una colonia di grifoni, tra le ultime in Italia, nidifica tra le sue impervie gole costituendo uno spettacolo indimenticabile. Il fondo del mare è altrettanto bello, ricco com'è di frane e roccioni che creano formidabili rifugi per ogni specie animale e vegetale. Punta Cristallo è l'ultimo tratto di costa di origine calcarea.
Da Punta del Gall alla Torre Bantine e Sale si trovano le formazioni geologiche più antiche che possono farsi risalire al mesozoico. La costa si presenta articolata con piccoli capisaldi aggettanti sul mare da altezze che in alcuni capi superano anche i 40 m. e che quasi mai sono inferiori ai 10m. Tra questi capisaldi si intercalano più o meno ampie calette, ove, spesso, scorrono tratti d'acqua dolce.

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