L'esemplare MM 6729 (F-104 S) è stato protagonista di un incidente - in cui è rimasto distrutto - il 5 luglio 1990. Dopo essere decollato dalla base di Sigonella (25 km da Catania), è precipitato alle ore 11.17 nella Contrada Magazzinazzo, nei pressi di Caltagirone. Il pilota, Cap. Sergio Scalmana, 30 anni di Milano, è morto nell'impatto. Alcune fonti hanno dichiarato che pochi minuti prima, Scalmana aveva comunicato via radio che aveva dei problemi e che avrebbe tentato un atterraggio di emergenza sulla ss 417. Tuttavia il giorno dopo -in un comunicato ufficiale - l'Aeronautica Militare ha smentito che il pilota "abbia effettuato comunicazioni con la torre di Sigonella in qualunque modo correlabili all'incidente".
I rottami si sono sparsi per un raggio di circa 100 metri.