Tentando di catturare un fanatico d'informatica, Faye insegue una petroliera tra le strade pubbliche in una città di Marte. Un uomo vestito di nero esce fuori e la petroliera esplode in mille parti. Quelli che scampano all'esplesione si ritrovano in seguito colpiti da un virus. Il governo mette una incredibile taglia sul colpevole e Faye è la solache sa quello che ha visto. Spike tenta di investigare da solo, diriggendosi nella Strada del Marocchino dove incontra Rasheed, un uomo che gli dà un importante indizio. Spike s'incontra anche con una donna misteriosa coperta da un velo. Jet viene a sapere da Bob che un'oscura compagnia medica può essere coinvolta nell'incidente ma l'ISSP è rimasta tranquilla. Tornando sul Bebop, Ed analizza il Lymphocytes artificiale che si moltiplica e si auto distrugge, venendo a scoprire che il virus è una nano-macchina. Spike s'infiltra nella compagnia medica ed incontra la donna che aveva incontrata nella Strad del Marocchino. In una breve baruffa corta, lui mette un segnalatore su di lei. Faye finalmente scopre che la sua taglia corrisponde ad un uomo misterioso chiamato Vincent Volaju, ma si ritrova in una situazione scomoda, incapace scappare. Su un treno, Spike ritrova Vincent grazie al segnalatore sulla donna. Vincent lo sconfigge facilmente e Spike sopravvive per un pelo. Vincent distrugge il treno ed uccide tutti i passeggeri con una granata che contiene il virus nano-macchina, testimone di tutto ciò, la donna dalla compagnia medica. Lei sopravvive miracolosamente.

	Spike si sveglia, trovandosi salvato da Laughing Bull. Jet tenta di farlo parlare e finisce per riprenderlo al Bebop. Electra decide di dare il suo sangue a Steve per esaminarlo a causa della sua sopravvivenza miracolosa nell'incidente del treno. La compagnia trova delle contro-nano-macchine nel suo sangue. Vincent rivela a Faye la verità sugli ultimi suoi tre anni su Titano. La sua unità fu sottoposta al collaudo di contro-nano-macchine per combattere il virus. Lui fu l'unico che sopravvisse, andando via da Titano senza memoria o comprensione del suo stato, se stava sognando nella morte o stava vivendo nel mondo reale. Faye scopre, che lui progetta di distruggere il mondo col virus nella Città di Aruba ad Halloween. Nello stesso tempo, Rasheed l'uomo che creò il virus, spiega la situazione a Spike. I militari si muovono per arrestare Spike ed Electra. Insimne, Spike ed Electra scappano dalla prigionia e recuperano il suo sangue. Faye tenta di scappare da Vincent come lui va via per compiere la sua missione finale. Lei contatta il Bebop. Sul Bebop, Spike, Jet a getti ed Electra concepisce un piano per salvare la città. Punta vola con lo Swordfish per affrontare Vincent ed ordina a Faye d'infiltrarsi nel Controllo del Tempo e far piovere. Jet da fondo alla sua astronave per far sì che tutte le contro-nano-macchine si diffondano in tutta la città. Nel centro della città, su una torre radio Spike e Vincent si affrontano in un duello mortale durante il quale Vincent rilascia il virus. Spike è sconfitto ma poco prima che venga ucciso, Electra interviene e propone di morire insieme con Vincent. Lei spara ma lui non tira il grilletto, ricordandosi dell'amore che lui provava una volta verso di lei. Piove, mentre si diffondendo le contro-nano-macchine nell'aria più velocemente del virus, salvando la città.
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