Situato in via Sant' Isaia n. 16, il plesso Manzolini si trova all'interno del Complesso architettonico di San Mattia tra le antiche mura dell'ex convento la cui costruzione cominciò nel 1575 su progetto degli architetti Francesco e Giovanni Terribilia. Il vasto orto del convento arrivava fino alla via Ca' Selvatica e durante la costruzione delle scuole Sirani nel 1963, sono stati rinvenuti importanti reperti relativi ad una villa suburbana romana. Inoltre, nel cortile del chiostro sono stati ritrovati resti che risalgono alla Civiltà Villanoviana. E' adibito a scuola da oltre cento anni e nell'anno 2009 è terminata la completa ristrutturazione, durata oltre due anni, che permette ora di offrire ai bambini tutta la razionalità di spazi moderni (ascensore, aule didattiche, atelier, refettori, archivio per materiali didattici) e nel contempo tutto il fascino suggestivo di un'ambientazione antica.
Nel Complesso San Mattia è inoltre collocato fin dal 1884 il Museo Bombicci che, per volontà dello stesso scienziato, divenne un museo "circolante"; infatti era suo desiderio far circolare i materiali tra le scuole affinché gli allievi potessero guardare, toccare e compiere osservazioni su concreti oggetti della natura. Ancora oggi le insegnanti dell'aula didattica, utilizzano i materiali del Bombicci che sono gelosamente conservati negli stessi armadi e cassettiere dell'epoca. Grazie alla prossimità dei locali della scuola con quelli del Museo i bambini della Scuola Manzolini hanno la possibilità di usufruire assiduamente delle aule didattiche del Museo. Anche la Biblioteca dei Bambini del Quartiere Saragozza, situata in via Sant'Isaia 20, essendo comodamente raggiungibile, è particolarmente utilizzata dagli insegnanti per i percorsi di lettura organizzati.
La posizione centrale del plesso permette inoltre di raggiungere anche a piedi le molteplici aule didattiche che il territorio offre, garantendo ad alunni e insegnanti numerose occasioni di approfondimento dei programmi didattici svolti durante l'anno. Grazie al grande chiostro dell'ex convento provvisto di porticato, i bambini possono infine usufruire di uno spazio all'aperto protetto durante tutte le pause ricreative, sia in caso di bel tempo che di maltempo. Il momento dei pasti è organizzato su due turni di cinque classi, per garantire il massimo della tranquillità ai bambini e le condizioni di sicurezza necessarie.
Le altre risorse didattiche del plesso sono:
- una biblioteca interna, punto di riferimento per i singoli bambini e per le classi con cui opera in stretto contatto, grazie alla presenza quotidiana di un'insegnante bibliotecaria;
- un laboratorio di informatica della scuola, gestito da insegnanti interni.
Il plesso Manzolini si distribuisce su tre piani: al piano terra si trovano l'aula adibita ai servizi integrativi del pre e post-orario, l'aula insegnanti, un'aula adibita a laboratorio di lingua per stranieri, il laboratorio di informatica, due classi e i bagni per i bambini e per gli adulti. Il primo piano ospita cinque classi, la biblioteca di plesso, i refettori, due aule di sostegno, la cucina, i bagni per bambini e adulti nonché la postazione del personale A.T.A. della scuola (bidelli). Al secondo piano sono collocate tre classi e un atelier utilizzato come spazio per laboratori di recupero o attività in piccolo gruppo.