Il fattore XI è una glicoproteina formata da due subunità unite tra di loro da ponti disolfuro. L'attivazione del fattore XI comporta la rottura di legami 369Arg-370Leu all'interno di ciascuna subunità, con formazione di un tetramero comprendente due catene leggere e due pesanti. Le catene leggere contengono il sito attivo caratteristico delle proteasi seriniche.