Il Crocifisso è stato dipinto nel dodicesimo secolo da un pittore umbro: l'opera presenta una forte influenza della pittura siriana, come conseguenza della presenza in Umbria di monaci siriani. La tela è incollata su una lista di legno di noce alta 190 cm, larga 120 cm e spessa 12 cm.
È probabile che il Crocifisso fosse destinato ad essere appeso sopra l'altare del S. Sacramento: ciò fa pensare che la chiesa di San Damiano fosse parrocchiale, in quanto ciò era previsto per tali tipi di chiese.
Nel 1257, le Clarisse lasciarono San Damiano e partirono alla volta della Chiesa di San Giorgio, prendendo con loro il Crocifisso. Con loro è rimasto per 700 anni.
Nella Settimana Santa del 1957 venne mostrato al pubblico per la prima volta sopra il nuovo altare nella cappella di San Giorgio nella Basilica di Santa Chiara d'Assisi.

L'Icona del Cristo trasfigurato.

Per i cristiani dell'Est, l'icona è una rappresentazione del Dio vivente, attraverso il quale si ha l'incontro personale con Dio per mezzo dello Spirito Santo. L'icona di San Damiano è quindi un incontro personale con il Cristo trasfigurato - Dio fatto uomo. Il Crocifisso contiene la storia della morte, risurrezione e ascensione in gloria.
Invita tutti noi a prendere parte con una fede viva e vissuta, proprio come ha fatto San Francesco.
La morte salvifica di Gesù è mostrata nel Vangelo di Giovanni nella sua maestà serena, e questo Crocifisso ne è la testimonianza pittorica. Non è quindi sorprendente che San Francesco fosse attirato da quest'icona e che l'ispirazione per la sua vita venisse da questo Cristo che gli parlò "Va', ripara la mia chiesa...."

La figura del Cristo

La figura centrale dell'icona è Cristo: ciò non solo a causa delle dimensioni della figura, ma perché Cristo dà la luce alla composizione pittorica. "Sono la luce del mondo. Chiunque mi segui non cammina nel buio, ma avrà la luce di vita" (Giovanni 8:12). Cristo sta in piedi, non è inchiodato sulla Croce. I Suoi occhi sono aperti: guarda il mondo, che ha salvato. È vivo. Il Suo vestito è un semplice velo simbolo allo stesso tempo del Suo Santo Sacerdozio e del Suo ruolo di vittima sacrificale. Il petto, la gola e il collo sono molto pronunciati. Gesù alitando lo Spirito Santo sui Discepoli (Gio 20.22) inizia la nuova creazione, Egli infatti alitò sui suoi discepoli e disse "ricevete lo Spirito Santo".
L'ombra sul volto di Gesù è evidenziata dal fatto che l'aureola e la faccia sono reclinati. L'umanità di Cristo vela l'essenza della Gloria del Verbo. Dietro le braccia stese di Cristo c'è la raffigurazione della sua tomba vuota, come un rettangolo nero.

Il medaglione e l'inscrizione.

L'ascensione è rappresentata all'interno del cerchio rosso: Cristo sta uscendo dal cerchio, portando una croce d'oro, che è ora il suo scettro reale. I suoi vestiti sono dorati un simbolo di vittoria. La sua sciarpa rossa è un segno del suo dominio e della sua sovranità. Gli angeli L'accolgono nel cielo.
IHS sono le prime tre lettere del nome di Gesù. La piccola parentesi sopra indica che è un'abbreviazione.
NAZARE è il nazareno; REX è "re" e IUDERUM è "degli ebrei". Ciò è anche riportato nel Vangelo di San Giovanni. "Gesù, il re degli ebrei".

La Mano del Padre

Da dentro il semicerchio alla cima dell'icona, Dio Padre che nessun ha mai visto, si rivela attraverso una benedizione. Questa benedizione è data dalla mano destra di Dio con il dito steso lo Spirito Santo.
Il Padre dà il dono dello Spirito Santo a tutti a causa dei meriti della Passione di Cristo.

  La Vite Mistica

Attorno alla Croce vi sono rotoli calligrafici vari, che potrebbero rappresentare la Vite Mistica: "io sono la vite, voi siete i rami..." (Gio 15) che richiama alle parole di Gesù "non esiste amore più grande di questo, dare la propria vita per i propri amici." Alla base della Croce, sembra esserci una sezione che somiglia ad una roccia, il simbolo di Pietro, primo capo della Chiesa. Le conchiglie sono invece i simboli dell'eternità.

Maria e Giovanni

Come nel vangelo di Giovanni, Maria e Giovanni sono posto fianco a fianco. Il mantello di Maria è bianco, che significala vittoria (Rev 3:5); purificazione (Rev 7:14); e benevolenza (Rev 19: 8). Le gemme sul mantello si riferiscono alle grazie dello Spirito Santo. Il rosso scuro portato sotto il mantello si riferisce invece all'amore, mentre il vestito è di porpora, che simbolizza l'Arca dell'Alleanza (Ex 26: 1-4) La mano sinistra di Maria è appoggiata alla sua guancia la sua accettazione e il suo amore di Giovanni, e la sua mano destra indica Giovanni, mentre i suoi occhi proclamano la sua accettazione delle parole di Cristo "Donna, ecco tuo figlio....."(Gio. 19:26) Il sangue gocciola su Giovanni in questo momento. Il mantello di Giovanni è di colore rosa, che significa saggezza eterna, mentre la sua tunica è bianca, la purità. La sua posizione è tra Gesù e Maria perché è il discepolo amato da tutti e due. Maria "ecco tuo figlio, Giovanni ecco tua madre".

Numeri

Ci sono 33 figure nell'icona: 1 figura di Cristo, 1 mano del Padre, 5 figure maggiori, 2 figure più piccole, 14 angeli, 2 figure sconosciute vicino alle mani di Gesù, 1 piccolo bambino, 6 figure sconosciute al fondo della Croce ed 1 gallo. Ci sono poi 33 chiodi lungo le cornici appena dentro le conchiglie e 7 attorno all'aureola.

Le altre figure maggiori:

Maria Maddalena.

Maria Maddalena è figura molto particolare poiché è vicina a Cristo; la sua mano è posta sul mento, ciò indica un segreto confidato. Porta un vestito di colore scarlatto che è il colore dell'amore: il suo mantello, che è azzurro, intensifica questo sentimento.

Maria di Cleopa.

Alcune autorità dicono che lei è la madre di Giacomo, porta i vestiti di un colore di terra, un simbolo di umiltà e il suo mantello chiaro verde la speranza. La sua ammirazione di Gesù è indicata dal gesto della sua mano.

Il Centurione di Capernaum.

Tiene un pezzo di legno nella sua mano sinistra, che indica la costruzione della sinagoga (Luca 7:1-10). Il bambino oltre la sua spalla è suo figlio guarito da Gesù. Le tre teste dietro il bambino mostrano "lui e la sua famiglia" (Gio. 4: 45 - 54). Il pollice e le due dita simboleggiano la Trinità, mentre le sue dita chiuse raffigurano il mistero nascosto delle due nature di Gesù il Cristo. "Veramente lui è il figlio di Dio" (Marco 15:39)

Le figure minori:

Longinus.

Il soldato romano che trafisse il fianco di Gesù con una lancia.

Stefano

La tradizione dà questo nome al soldato che offrì a Gesù una spugna inzuppata con l'aceto dopo che Gesù urlò "ho sete" (Gio. 19: 28-30)

I Santi Sconosciuti.

Al fondo dell'icona ci sono sei santi sconosciuti che gli eruditi credono essere i santi Damiano Ruffino, Michele, Giovanni il battista, Pietro, e Paolo tutti patroni delle chiese nella zona di Assisi. San Damiano fu il patrono della chiesa dove era la croce, e San Ruffino il santo patrono di Assisi. I danni riportati dall'immagine non ne consentono l'identificazione.

Gli angeli che discutono.

 Ci sono due gruppi di angeli che stanno discutendo animatamente sul mistero rivelatogli. "Dio amò tanto il mondo che dette suo solo figlio, perché chiunque credi in lui non morirà ma avrà la vita eterna" ( Gio. 3:16)

La Tomba.

Come è stato menzionato prima, dietro Cristo è la tomba aperta; Cristo è vivo, e sta in piedi sopra la tomba. Il rosso dell'amore supera il nero della morte. I gesti dei santi sconosciuti a Sue mani indicano la fede. Potrebbero essere Pietro e Giovanni alla tomba vuota? (Gio 20: 3 - 9)

Il Gallo.

In primo luogo, l'inclusione del gallo ricorda il diniego di Pietro che pianse amaramente. In secondo luogo, il gallo proclama la nuova alba del Cristo alzato, la vera luce. (Gio. 2:8)

La Forma della Croce.

La forma della Croce è particolare per permettere all'artista di includere tutti coloro che parteciparono al dramma della Passione. Alla destra della Croce sta il buon ladrone, chiamato tradizionalmente Dismas, di cui Gesù disse che sarebbe stato con Lui nel Regno dei Cieli; alla sinistra sta invece il ladrone malvagio.