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Mario
Milani
publications
... mi occupo di
struttura di proteine; attualmente lavoro presso il dip. di Bioscienze
dell'Universita' di Milano e tengo il corso di Biofisica
presso il Dip. di Fisica
curriculum
vitae (25/06/2014)publications
1.
Amminoacidi: caratteristiche chimiche. Proteine,
classificazione
strutturale: struttura primaria, elementi di
struttura secondaria,
motivi, domini, struttura terziaria, strutture quaternarie.
(introduzione.pdf,
amminoacidi.pdf,
legame_peptidico.pdf, strutture_alpha.pdf,
strutture_beta.pdf,
motivi.pdf,
domini.pdf)
2. Interazioni non covalenti (int_non_covalenti.pdf)
2. Interazioni non covalenti (int_non_covalenti.pdf)
3. Rapporto struttura
- funzione di proteine: l'esempio dei
Virus (virus.pdf)
4. Interazione onde elettromagnetiche - materia (scattering.pdf scattering_riassunto.pdf)
5. Transizioni elettroniche e assorbimento (assorbimento.pdf)
6. Espressione e purificazione di proteine ricombinanti (purificazione.pdf)
7. Strutture quaternarie e caratteristiche strutturali a bassa risoluzione: dynamic light scattering (DLS) e small angle X ray diffraction scattering (SAXS) (dls.pdf, saxs.pdf)
8. Cristallografia di proteine: cristallogenesi (cristallizzazione.pdf)
9. Simmetrie nei cristalli, gruppi puntuali e gruppi spaziali (simmetrie.pdf)
10. Esperimento di diffrazione e raccolta dati (diffrazione.pdf)
11. Problema della fase e tecniche di fasatura: molecular replacement, multiple isomorfous replacement, multiple anomalous diffraction (mr.pdf, mir.pdf, mad.pdf)
12. Raffinamento e validazione delle strutture (raffinamento.pdf)
13. Spettroscopia infrarossa e fluorescenza (infrarosso.pdf, fluorescence.pdf)
14. Nuclear Magnetic Resonance (nmr.pdf)
Testi consigliati:
per approfondire gli argomenti proposti si consigliano i testi seguenti:
parte relativa alla struttura delle proteine:
1. Petsko, G., Ringe, D. Struttura e Funzione delle Proteine (Zanichelli, 2005)
2. Branden, C., Tooze, J. Introduzione alla Struttura delle Proteine (II ed., Zanichelli, 2001)
Diversi testi di Biochimica trattano estesamente, in genere nella parte iniziale del trattato, di principi base della struttura delle proteine. Tra questi:
Voet, D. & Voet, J. “Biochemistry” 2nd - 3rd editions (la seconda Edizione e’ tradotta in Italiano)
parte relativa ai virus:
1. J.H. Strauss, E.G. Strauss, Viruses, Academic Press.
2. S.J. Flint, L.W. Enquist, V.R. Racaniello, A. M. Skalka. Principles of Virology, ASM Press.
metodi biofisici (tra cui l'assorbimento):
1. Serdyuk, Zaccai R. & Zaccai J. Methods in molecular biophysics. Cambridge 2007
2. Cantor R.C. & Schimmel P.R. Biophysical Chemistry (Part II), 1980.
3. Berne J. & Pecora R. Dynamic Light Scattering, Dover 2000.
4. Campbell I.D. & Raymond A.D. Biological Spectroscopy, 1984.
simmetrie e gruppi puntuali:
1. Harris D.C. & Bertolucci M.D. Symmetry and Spectroscopy. Dover 1978.
diffrazione e SAXS.:
1. Guinier A. X-Ray Diffraction: In Crystals, Imperfect Crystals, and Amorphous Bodies. Dover 1994.
2. Kasai N. & Kakudo M. X-Ray Diffraction by Macromolecules (Springer)
per la trattazione della parte di diffrazione X da parte di cristalli macromolecolari biologici, esistono diversi testi. Tra i piu’ aggiornati e completi sono:
1. Drenth, J., Principles of Protein X-ray Crystallography (2002, Springer)
2. Giacovazzo et al. Fundamentals of Crystallography (Oxford Univ. Press, 2002)
4. Interazione onde elettromagnetiche - materia (scattering.pdf scattering_riassunto.pdf)
5. Transizioni elettroniche e assorbimento (assorbimento.pdf)
6. Espressione e purificazione di proteine ricombinanti (purificazione.pdf)
7. Strutture quaternarie e caratteristiche strutturali a bassa risoluzione: dynamic light scattering (DLS) e small angle X ray diffraction scattering (SAXS) (dls.pdf, saxs.pdf)
8. Cristallografia di proteine: cristallogenesi (cristallizzazione.pdf)
9. Simmetrie nei cristalli, gruppi puntuali e gruppi spaziali (simmetrie.pdf)
10. Esperimento di diffrazione e raccolta dati (diffrazione.pdf)
11. Problema della fase e tecniche di fasatura: molecular replacement, multiple isomorfous replacement, multiple anomalous diffraction (mr.pdf, mir.pdf, mad.pdf)
12. Raffinamento e validazione delle strutture (raffinamento.pdf)
13. Spettroscopia infrarossa e fluorescenza (infrarosso.pdf, fluorescence.pdf)
14. Nuclear Magnetic Resonance (nmr.pdf)
Seminari 2010
cristallografia.pdf, virus.pdf, farmaci.pdf
cristallografia.pdf, virus.pdf, farmaci.pdf
Testi consigliati:
per approfondire gli argomenti proposti si consigliano i testi seguenti:
parte relativa alla struttura delle proteine:
1. Petsko, G., Ringe, D. Struttura e Funzione delle Proteine (Zanichelli, 2005)
2. Branden, C., Tooze, J. Introduzione alla Struttura delle Proteine (II ed., Zanichelli, 2001)
Diversi testi di Biochimica trattano estesamente, in genere nella parte iniziale del trattato, di principi base della struttura delle proteine. Tra questi:
Voet, D. & Voet, J. “Biochemistry” 2nd - 3rd editions (la seconda Edizione e’ tradotta in Italiano)
parte relativa ai virus:
1. J.H. Strauss, E.G. Strauss, Viruses, Academic Press.
2. S.J. Flint, L.W. Enquist, V.R. Racaniello, A. M. Skalka. Principles of Virology, ASM Press.
metodi biofisici (tra cui l'assorbimento):
1. Serdyuk, Zaccai R. & Zaccai J. Methods in molecular biophysics. Cambridge 2007
2. Cantor R.C. & Schimmel P.R. Biophysical Chemistry (Part II), 1980.
3. Berne J. & Pecora R. Dynamic Light Scattering, Dover 2000.
4. Campbell I.D. & Raymond A.D. Biological Spectroscopy, 1984.
simmetrie e gruppi puntuali:
1. Harris D.C. & Bertolucci M.D. Symmetry and Spectroscopy. Dover 1978.
diffrazione e SAXS.:
1. Guinier A. X-Ray Diffraction: In Crystals, Imperfect Crystals, and Amorphous Bodies. Dover 1994.
2. Kasai N. & Kakudo M. X-Ray Diffraction by Macromolecules (Springer)
per la trattazione della parte di diffrazione X da parte di cristalli macromolecolari biologici, esistono diversi testi. Tra i piu’ aggiornati e completi sono:
1. Drenth, J., Principles of Protein X-ray Crystallography (2002, Springer)
2. Giacovazzo et al. Fundamentals of Crystallography (Oxford Univ. Press, 2002)