La scelta del combustibile giusto è cruciale al successo di Aurora, poichè le varie sezioni del velivolo una volta in volo raggiungeranno temperature che variano dai 1000 gradi Fahrenheit a più di 1400 gradi Fahrenheit.
Il combustibile deve avere una doppia peculiarità, la prima è quella di fornire energia ai motori, la seconda è quella di costituire da refrigerante struttorale allo scopo di estrarre il calore distruttivo dalla superficie del velivolo.
Alle velocità ipersoniche, neppure il particolare cherosene JP-7 ad alto punto di infiammabilità utilizzato dall'SR-71 per le sue crociere trisoniche, non può assorbire abbastanza calore; la soluzione plausibile è il combustibile criogenico, e le migliori alternative sono il metano e l'idrogeno.
L'idrogeno ha la capacità di fornire tre volte più energia e assorbire sei volte più calore di un qualunque altro combustibile; l'inconveniente è legato alla sua bassa densità che implica serbatoi più grandi e quindi una struttura del velivolo maggiore. La scelta migliore ricade sul metano, perchè è tre volte più denso dell'idrogeno, più facile da maneggiare e ampiamente disponibile.
