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Le teorie di Rousseau furono particolarmente dibattute, al tempo, a causa dei giudizi in ambito religioso contenuti in esse. L'idea di Rousseau, che l'uomo fosse buono per natura, era in contrasto con la dottrina del peccato originale; inoltre, la sua "teologia naturale", esposta dal Vicario Savoiardo nell'Emilio portò alla condanna del libro sia nella Ginevra calvinista che nella cattolica Parigi. Nel Contratto sociale Rousseau afferma che i seguaci autentici di Gesù non potranno mai essere buoni cittadini, e quindi anche questo libro fu condannato a Ginevra. Rousseau non fu comunque un ateo, anche se la sua fede e la sua filosofia contrastavano diversi principî del cristianesimo; inoltre, sempre nel Contratto sociale, afferma che per il benessere e la coesione dello Stato sia necessaria una religione, che contempli la fede in un dio unico, in una vita eterna e futura, e nella retribuzione dei peccati.
Rousseau cercò di difendersi dalle critiche contro la sua visione religiosa nella Lettera a Christophe de Beaumont.