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Rousseau teorizzò un programma educativo basato sul concetto di "educazione negativa", ossia di un'educazione che non inculca alcuna virtù, ma previene il vizio; non insegna la verità, ma preserva dall'errore consentendo il libero sviluppo della personalità.
Rousseau espone la sua visione dell'educazione nell'Emilio, un libro parzialmente di fantasia, che racconta nei dettagli la crescita di un giovane ragazzo chiamato appunto Emilio, e guidato dallo stesso Rousseau. Rousseau lo porta nella campagna, il luogo che, per lui, è maggiormente congeniale alla natura umana, diversamente dalla città, dove rischierebbe di apprendere unicamente cattive abitudini, sia dal punto di vista fisico che morale. Obiettivo dell'educazione, dice Rousseau, è come imparare a vivere, e questo si ottiene seguendo un guardiano in grado di mostrare la strada per una vita buona.
La crescita del ragazzo è divisa in tre sezioni: la prima sino ai dodici anni circa, periodo in cui non è ancora possibile il pensiero complesso e i bambini, secondo Rousseau, vivono come animali; la seconda va dai dieci o dodici anni sino ai quindici, periodo in cui comincia a svilupparsi la ragione; la terza va dai quindici in su, periodo in cui il ragazzo va facendosi infine adulto. A questo punto Emilio incontra una giovane donna con cui potrà completarsi.
Il libro è basato sugli ideali di Rousseau di una vita sana. Il ragazzo deve imparare come seguire i suoi istinti sociali e deve essere protetti dai vizî dell'individualismo e dell'autocoscienza urbani.
Curiosamente, come altri grandi pedagoghi, non fu per nulla affettuoso padre dei suoi figli, ma grande educatore al di fuori della famiglia.