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Nel 1761 Rousseau pubblicò il fortunato romanzo Giulia o la nuova Eloisa e, l'anno successivo, il Contratto sociale e Emilio o dell'educazione. Entrambi i libri criticavano la religione e furono per questo banditi sia in Francia che a Ginevra. Rousseau fu costretto a fuggire per evitare l'arresto, fermandosi sia a Berna che a Motiers, in Svizzera. A Motiers scrisse il Progetto costituzionale per la Corsica.
A causa delle critiche che lo seguirono anche in Svizzera (la sua casa a Moitiers fu murata nel 1765), Rousseau, nel gennaio del 1766, si rifugiò in Gran Bretagna, presso il filosofo David Hume. Ma dopo diciotto mesi, credendo che Hume stesse complottando contro di lui, fuggì anche da qui.
Rousseau tornò in Francia sotto il nome di "Renou", nonostante ufficialmente non potesse tornare sino al 1770. Nel 1768 sposò Thérèse, e nel 1770 tornò a Parigi. Gli fu consentito di tornarvi a condizione che non pubblicasse alcun libro, ma dopo aver completato le sue Confessioni, cominciò a darne letture private, che gli vennero impedite nel 1771. Di conseguenza, questo libro e tutti i successivi vennero pubblicati soltanto dopo il 1782, quattro anni successivamente alla sua morte.
Rousseau continuò a scrivere sino alla morte. Nel 1772 fu invitato a presentare delle raccomandazioni per la nuova costituzione della Polonia, il cui risultato fu la sua ultima grande opera politica, le Considerazioni sul governo della Polonia. Nel 1776 completò i Dialoghi: Rousseau giudice di Jean-Jacques, e cominciò a lavorare a Le fantasticherie del passeggiatore solitario. In questo periodo, per potersi mantenere, tornò a copiare musica. A causa della sua paranoia (in parte non infondata), non cercò compagnia o attenzioni di altre persone.
Una mattina, passeggiando per le terre del marchese di Girardin, a Ermenonville (nei pressi di Parigi), fu colpito da una emorragia, e morì il 2 luglio 1778.
Rousseau fu inizialmente sepolto nella Ile des Peupliers. Sedici anni più tardi, nel 1794, le sue spoglie furono traslate al Pantheon di Parigi. La tomba fu disegnata per somigliare a un tempio rustico, come richiamo alle teorie di Rousseau sulla natura. Nel 1834 il governo di Ginevra eresse, di malgrado, una statua in suo onore sulla piccola Ile Rousseau, nel Lago di Ginevra.