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Nel gennaio 1801 si trasferisce a Jena, in quegli anni capitale della cultura tedesca, ospite di Schelling che insegna nella locale università. Pubblica in luglio la Differenza tra il sistema filosofico di Fichte e quello di Schelling per aprirsi la strada all'insegnamento, che ottiene con la dissertazione De Orbitis Planetarum. Conosce a Weimar Goethe e Schiller; in una lettera a Schiller, Goethe sottolinea la goffaggine di Hegel nella conversazione, un difetto che appare anche nell'esposizione delle sue lezioni universitarie.
Dal 1802 al 1803 con Schelling pubblica il "Giornale critico della filosofia" e scrive La costituzione della Germania e il Sistema dell'eticità, pubblicati nel 1893. Inizia nel 1806 una relazione con la sua affittacamere Christiane Charlotte Fischer Burckhardt, dalla quale, il 5 febbraio 1807, ha il figlio Ludwig. Il 13 ottobre l'esercito francese entra a Jena; Hegel vede da lontano Napoleone e scrive all'amico e collega Friedrich Niethammer:"...l'imperatore - quest'anima del mondo - l'ho visto uscire a cavallo dalla città, in ricognizione; è davvero una sensazione singolare vedere un tale individuo che qui, concentrato in un punto, seduto su un cavallo, spazia sul mondo e lo domina...". Il suo alloggio viene requisito e va a Bamberg per due mesi; tornato a Jena, pubblica nel marzo 1807 la Fenomenologia dello Spirito con la quale, per le critiche che vi sono contenute, si consuma la rottura con Schelling. L'1 marzo Hegel si trasferisce a Bamberg a dirigere il modesto quotidiano "Bamberger Zeitung" (Gazzetta di Bamberg).