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Studia in particolare i classici greci, gli illuministi, Kant e i kantiani; il 27 settembre 1790 conclude il primo biennio di studi, conseguendo il titolo di Magister philosophiae; il 20 settembre 1793 conclude gli studi ottenendo il titolo di Kandidat; il giudizio ottenuto in filosofia non è lusinghiero: Philosophiae nullam operam impendit, non si è impegnato nella filosofia.
Dall'ottobre del medesimo anno è precettore dei figli del nobile bernese Karl Friedrich von Steiger. Nel luglio 1795 conclude la Vita di Gesù, scritta secondo un'ottica moralistico - kantiana, e pubblicata dal Nohl soltanto nel 1906, una parte dei Frammenti su religione popolare e Cristianesimo, pubblicati nel 1907. Nel 1796 conclude La positività della Religione Cristiana pubblicata nel 1907.
Non ama l'ambiente clericale e oligarchico di Berna; nel gennaio 1797 si trasferisce a Francoforte, dove Hölderlin gli ha procurato un nuovo posto di precettore. Nel 1798 scrive il saggio Sulle più recenti vicende interne del Württemberg specialmente sul deplorevole stato della magistratura, pubblicato nel 1913, in cui lamenta la crisi interna della sua patria e propone l'elezione diretta dei magistrati da parte dei cittadini. Con Hölderlin e Schelling dà stesura definitiva al Programma di sistema, manifesto dell'Idealismo tedesco. Il 14 gennaio 1799 muore il padre.
Porta a compimento Lo spirito del Cristianesimo e il suo destino, pubblicato nel 1907, gradualmente allontanandosi dalla concezione kantiana di una religione nei limiti della pura ragione; nel settembre del 1800 scrive il Frammento di Sistema, in cui, oltre a un abbozzo di dialettica, mostra un'oscillazione, nella sua filosofia, fra una conclusione di tipo prettamente filosofico e uno religioso, che si trascinerà per tutta la vita.