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Nel settembre del 1973, l'altissimo tasso di inflazione e la mancanza di materie prime avevano precipitato il paese nel caos. L'11 settembre di quell'anno, le forze armate Cilene guidate dal Generale Augusto Pinochet, misero in atto il golpe cileno del 1973 contro Allende. Durante l'assedio e la successiva presa del Palacio de La Moneda, Allende morì di morte violenta.
Non sono del tutto chiare le circostanze della sua morte: il suo medico personale affermò che il Presidente si suicidò con una mitraglietta donatagli da Fidel Castro, mentre altri sostengono che fu ucciso dai golpisti di Pinochet mentre difendeva il palazzo presidenziale. Pare anche che la Massoneria, per salvare il confratello, avesse inviato un aereo per condurlo fuori dal Cile.
In seguito al colpo di stato, in Italia ci furono molti scioperi in solidarietà con Allende e il popolo Cileno. Italia e Svezia non riconobbero mai il regime di Pinochet, e per tutti i 17 anni di dittatura ufficialmente rimasero in carica gli ambasciatori nominati da Salvador Allende.