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Ma già negli ultimi mesi del 2006, il progetto della RNP subisce un rallentamento dovuto ad una sostanziale difformità tra la cultura socialista e quella radicale, che si concretizza soprattutto in un diverso modo di intendere l'azione politica: da una parte un'azione storicamente di governo, dall'altra un'attività referendaria e movimentista. Posizioni in tal senso vengono espresse dal congresso dei Radicali (novembre 2006), dal cui pulpito anche Lanfranco Turci (leader terzista della Rnp, già esponente dei DS) riconosce la crisi del progetto. Quella che era nata come alleanza politico-elettorale non è riuscita a trasformarsi in un vero nuovo partito ma, anzi, socialisti e radicali sono destinati a dividere le loro strade, pur mantenendo inizialmente il loro gruppo unitario alla Camera. Lo stesso Boselli ammette che la diversità di strategia è un limite per il progetto che ormai, pur condividendo un comune campo ideologico d'azione, si mantiene solo come alleanza elettorale e come azione comune nel Parlamento e nel Governo. Per lo SDI si propone, piuttosto, come nuovo obiettivo quello di ricomporre la diaspora socialista. L'alleanza tra socialisti e radicali, tuttavia, prosegue sui temi come i diritti civili, il garantismo, l'economia, la politica estera, la laicità. Il 9 gennaio 2007 si tiene la Direzione nazionale della RnP che di fatto sancisce il divorzio fra SDI e Radicali.