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Il 10 ottobre 2009 la XXX assemblea nazionale della Federazione dei Verdi, a sorpresa, mette in minoranza l'unica mozione favorevole alla costituenda Sinistra Ecologia Libertà. Viene infatti eletto presidente dei Verdi Angelo Bonelli il quale, riunito l'Esecutivo della Federazione, il 14 ottobre delibera «il ritiro immediato dei rappresentanti Verdi dal coordinamento nazionale di Sinistra e Libertà» come anche dai coordinamenti locali.
La fuoriuscita dei Verdi suggerisce a diversi esponenti di SL di accelerare affinché si tenga il congresso fondativo del nuovo partito entro la fine dell'anno o comunque entro le elezioni regionali del 2010, ma il PS è nettamente contrario e il 17 ottobre ha la meglio: il 18 dicembre ci si limiterà a costituire Sinistra Ecologia Libertà. Ma a prevalere davvero è l'incertezza e l'ambiguità del percorso che dovrebbe fondere i quattro soci di SEL.
L'8 novembre la minoranza dei Verdi filo-SL decide di non abbandonare la coalizione e si costituisce in Associazione Ecologisti.
