Solo con la colonizzazione, in una relazione scritta dal capitano di fregata B.M. Sanvisente, compare finalmente la definizione Linosa. A causa degli scarsi scavi archeologici effettuati sull'isola della sua storia si sa ben poco. Tutta al più si ritiene che nell'isola si avvicendarono varie popolazioni; tra esse i Romani, durante le guerre puniche, il cui insediamento è confermato dalla presenza di 150 cisterne scavate nella superficie lavica di tipica derivazione romana. Alla denominazione romana, susseguirono dominazioni fenicie, arabe e saracene. 

Da allora l'isola rimase disabitata e servì come porto di fortuna della pirateria mediterranea. Nel 1839  il governo borbonico  decise di colonizzare l'isola di Linosa(divenuta ormai bosco selvaggio e disabitato). Fu emanato, così, un bando tra i sudditi del Regno delle Due Sicilie col quale si cercavano volontari disposti a trasferirsi nell'isola, promettendo loro l'utilizzo di tutto il terreno coltivabile e la rendita(durata una cinquantina d'anni) di 3 tarì al giorno. Vi aderì un primo nucleo composto da alcune famiglie di abili artigiani provenienti da Ustica, Agrigento e Pantelleria tra cui le famiglie La Russa, Cavallaro e Remirez, accompagnati dal capitano di fregata B. M. Sanvisente il 25/04/1845. L'ambiente che li circondava si rivelò più ostile del previsto. Alla mancanza di abitazioni si supplì con dei ripari scavati nel tufo, pur essendo minacciati, costantemente, dalla presenza dei topi. Per fortuna la presenza delle antiche cisterne romane favorirono la raccolta di acqua piovana. I primi lavori furono necessariamente collettivi per via dell'istinto di sopravvivenza, come la costruzione della prima Croce lignea e di una Chiesa, erette subito dopo lo sbarco. 

Dopo il '60 con l'Unità d'Italia le promesse fatte dai Borboni, non vennero mantenute dai Savoia. Ma i linosani lasciati ancora più soli a fronteggiare una situazione prossima alla tragedia, reagirono con una forma di eroismo primitivo. Dal primo nucleo di poche decine di persone, la popolazione pian piano si ingrandì, grazie ai matrimoni tra gli stessi membri e individui provenienti dalla terraferma, fino a raggiungere l'attuale numero che si aggira intorno ai 480 abitanti. Da allora i coloni vennero ricordati solo in occasione delle due grandi guerre con la chiamata alle armi.

Con gli inizi degli anni sessanta Linosa comincia a cambiare volto. Arrivano le prime innovazioni tecniche accompagnate da uno sviluppo turistico. La SIP istalla nel 1963 la prima centrale telefonica, nel '67 entra in funzione una centrale elettrica gestita dalla SELIS, nel '68 venne inaugurato il nuovo edificio dell'Asilo Infantile, dedicato a Pietro Taviani, nonché quello della Scuola Elementare e Media. Nel '83 la costruzione del dissalatore assicurò un continuo rifornimento di acqua potabile. Nel '76 approda sull'isola anche la RAI che istalla un ripetitore per il primo e il secondo canale e quattro anni dopo la FININVEST. In seguito vennero costruiti i moli di attracco a Scalo Vecchio, Pozzolana di Ponente e Mannarazza. Solo nel 1985 la nave traghetto Paolo Veronese poté attraccare alla banchina di Scalo Vecchio.

Tutto sommato l'isola ha acquisito una vivibilità decorosa nonostante molti servizi sociali siano ancora da risolvere.