Per produrre il formaggio, il latte viene versato in una caldaia aperta, dove è riscaldato a 35-38 °C (temperatura dello stomaco del vitello); specie se il latte è pastorizzato si aggiungono i batteri lattici ed eventualmente altri tipi di fermenti (e/o le muffe per i formaggi erborinati) sotto forma di starter e quindi il caglio, quasi sempre di origine animale ovvero composto da un'enzima estratto dallo stomaco dei mammiferi lattanti. Nel caso di formaggi a coagulazione totalmente acida, al posto del caglio si utilizza una sostanza acida che integri l'acido lattico che si forma a causa dell'azione dei batteri contenuti nel latte (quando ad esempio il formaggio è a latte crudo) o aggiunti con lo starter.

Il caglio è in grado di scindere in molti frammenti la caseina presente nel latte, e di far quindi coagulare le particelle della massa grassa non più solubile nell'acqua, che galleggiano formando una massa gelatinosa e fragile detta cagliata o giuncata. Dalla cagliata si ottengono i vari tipi di formaggi: