Walter S. Skinner e' assistente direttore della sezione Crimini Violenti dell'FBI. Ex-marine severo ed esigente.
La sua continua insistenza sull'adozione di tecniche investigative conformi ai regolamenti lo pone spesso in disaccordo con Mulder, i cui metodi poco ortodossi lo irritano alquanto. Skinner riceve frequenti visite dal misterioso "uomo che fuma", ma l'esatto rapporto tra i due e' a dir poco ambiguo. Nonostante Skinner abbia chiuso una volta la sezione X-Files dietro "ordini dall'alto" l'ha in seguito riaperta di propria iniziativa. In seguito, la sezione non e' piu' stata chiusa. Il rapporto di Skinner con Mulder e' ambivalente: sebbene i metodi e i modi irriverenti del giovane agente lo esasperino, Skinner e' intervenuto piu' volte per aiutare Mulder persino contro la gerarchia dell'FBI.

La sua vita è minacciata da Alex Krycek che gli ha iniettato dei microrobot in grado di fagli coagulare il sangue tramite gli impulsi di un "telecomando" (S.R. 819). Ciò ha spinto, in più occasioni, il vicedirettore a "remare contro" i suoi agenti.

Skinner accompagna Mulder a Bellefleur (Oregon) presso il luogo dove l'agente scomparirà nel nulla. Egli vede l'astronave che si allontana e sembra passare definitivamente dalla parte di Mulder e Scully.

Walter Skinner e' interpretato da Mitch Pileggi.

Walter Skinner compare nei seguenti episodi: Tooms, Little Green Men, The Host, Sleepless, Ascension, One Breath, Colony, End Game, F.Emasculata, Anasazi, The Blessing Way, Paper Clip, Nisei, Grotesque, Piper Maru, Apocrypha, Teliko, The Field where I died, Pusher, Avatar, Wetwired, Talitha Cumi, Herrenvolk, Paper Hearts, El Mundo Gira, Tunguska, Terma, Memento Mori, Max, Unrequited, Small potatoes, Zero Sum, Redux I, Redux II, Kitsunegari, Bad Blood, The Red and the Black, Pine Bluff Variant, Folie a Deux, The End, X-Files : Fight the future, The Beginning, Triangle, S.R. 819, Monday, Field Trip, Biogenesis, The Sixth Extintion, Amor Fati, Millennium, Sein und Zeit, En Ami, Chimera, Brand X, Hollywood AD, Je Souhaite, Requiem, Within, Without,Patience, Via Negativa, Per Manum, The Gift, Medusa, This is not happening, Deadalive, Empedocles, Three Words, Essence, Existence, Nothing Important Happened Today, Nothing Important Happened Today 2, 4-D, John Doe, Provenance, Providence, Sunshine Days, The Truth.